手頭有一套完整的PacBio技術資料，會慢慢的總結到博客上。
寫在前面：PacBio公司主要有兩個測序平台一個是RS，一個是最新的Sequel，下面如果沒有指明則是在講RS平台。
SMRT測序技術總覽（SMRT® Sequencing Technology Overview）
首先必須對下面幾個東西形成概念：
1.SMRT Cell：納米制造的，不可回收的消耗品，每個 cell 里有 1M 的well（即ZMW），ZMW是單分子實時測序的最小場所。
Sequel SMRT Cell 1M are nano-fabricated納米制造 consumables消耗品 patterned with附有圖案 1,000,000 wells called zero-mode waveguides零模波導孔 (ZMWs). The structure of the ZMW is unique, as it enables real-time sequencing observation. They are packaged together in a streamlined流線型 4 SMRT Cell format (4/tray托盤). One SMRT Cell is utilized in each sequencing reaction, and experiments can be run on a single SMRT Cell or in batch批 mode, giving your projects a greater level of flexibility.
2.SMRT得到的初始信號是什么？（Signal Processing and Base Calling）
最初得到的是光學信號，需要將光學峰轉化為鹼基（Converting pulses of light into DNA bases and kinetic measures）
3.SMRTbell：樣品准備時，會用到SMRTbell的Adapters
4.測序：在Adapters處加上DNA聚合酶和引物，復制就開始了
5.不同建庫下的不同結果（Two Ways to Utilize PacBio® Long Readlengths）
一種是插入片段很長（>2kb，通常是為了denovo組裝），這時由於讀長限制只能測一個pass（兩個Adapters之間就是一個pass）
一種是插入片段很短（<2kb，通常為轉錄組），這時就會測出多個pass，因而產生CCS，可以進行校正（錯誤率可降至1%以下）。
6.測序后reads的長度分布和校正准確度（Exponential Read Length Distribution and Consensus Accuracy）
7.C2 Chemistry的結果（Typical Results with C2 Chemistry）
8.實時動態信息（Kinetic Information）
SMRT技術可以實時的測出DNA鏈上的各種鹼基類型（修飾和未修飾）（Epigenetics, DNA damage, new, novel modifications）
9.總結
SMRT單分子實時測序，會測出很長的reads，有多種方式來利用reads的長度（CLR和CCS）
沒有擴增偏向，二代技術在GC含量異常區域會明顯的測不准，而PacBio技術則沒有任何偏向
能讀出DNA鏈上的所有信息（表觀），只要你能識別分離出信號的意義