原文:KEGG Pathway Anonatation

轉載於Original liuhui 生信百科 KEGG 數據庫中,把功能相似的蛋白質歸為同一組,然后標上 KO 號。通過相似性比對,可以為未知功能的蛋白序列注釋上 KO 號。通過KEGG數據庫的注釋極大的方便我們進行生物學通路的研究,可以直接查看物種某條生物學通路上基因的存在情況。 最簡單的方法是看公司給的KEGG注釋或者直接下載本物種每個基因的注釋結果 比如,植物Phytozome 動植物E ...

2017-07-16 15:15 0 2419 推薦指數:

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KEGG PATHWAY

KEGG PATHWAY Database KEGG PATHWAY 數據庫是一個手工畫的代謝通路的集合,包含以下幾方面的分子間相互作用和反應網絡: 1.新陳代謝 2.遺傳信息加工 3.環境信息加工 4.細胞過程 5.生物體系統 6.人類 ...

Mon Mar 16 05:58:00 CST 2020 0 777
KEGG pathway注釋過程

KEGG mapper: 輸入:cufdiff生成的差異基因列表(log2fold_change的絕對值>1, pvalue<0.01) 目的:在KEGG網站中,利用KEGG mapper工具進行pathway注釋。 過程: 1. ID轉換:將gene symbol轉換 ...

Thu Oct 17 17:30:00 CST 2019 0 477
利用KEGG的API獲取基因對應的pathway 信息

KEGG 官網提供了API, 可以方便的訪問KEGG 數據庫中的內容,鏈接如下: http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html 利用API可以得到某一個基因參與的pathway 信息, 以human 為例; 1) 第一步,獲取每條pathway具體的描述 ...

Fri May 12 23:43:00 CST 2017 0 3127
KEGG注釋

KEGG 數據庫中,把功能相似的蛋白質歸為同一組,然后標上 KO 號。通過相似性比對,可以為未知功能的蛋白序列注釋上 KO 號。 截止到 2015 年 6 月 12 日,KEGG 數據庫中共收錄了 3,904 個完整的基因組。其中 304 個為真核生物,3,600 個為原核生物。在真 ...

Thu Jul 11 17:52:00 CST 2019 0 1363
pathway-pathway network 網絡分析

對於pathway 數據庫而言,我們最常見的就是利用KEGG 富集分析挖掘其中的信息,得到顯著富集的幾條通路; 對於代謝通路而言,不同的通路之間是會有相互關系的,比如在上游的通路中產生的代謝產物,進入下游的通路繼續發揮作用。 pathwaypathway 之間存在一個上下游的關系,所有 ...

Fri Feb 23 23:17:00 CST 2018 0 1317
KEGG數據庫

參考:KEGG數據庫中文教程 - 博奧 &【學習筆記】KEGG數據庫 - 微信 學習一個技能最主要的事情你必須知道,那就是能通過它來做什么? KEGG數據庫里面有什么? 如何查詢某一特定的代謝途徑(pathway)的信息,例如Glycolysis ...

Mon Dec 26 19:08:00 CST 2016 0 4000
GO | KEGG的注釋是怎么來的?

我們是在驗證時才使用注釋,這種拿不准確數據來驗證新的數據的方法確實值得思考。 那么GO和KEGG常見注 ...

Tue Aug 07 20:02:00 CST 2018 0 2592
 
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