KEGG PATHWAY

 

KEGG PATHWAY Database

KEGG PATHWAY 數據庫是一個手工畫的代謝通路的集合，包含以下幾方面的分子間相互作用和反應網絡：

1.新陳代謝

2.遺傳信息加工

3.環境信息加工

4.細胞過程

5.生物體系統

6.人類疾病

7.葯物開發

PATHWAY的五種類型

僅僅第一種參考通路(reference pathway)圖是手動畫出來的，其他的通路圖都是通過計算產生的。pathway中的每一個框(或線)都對應一個或多個K編號、EC編號及R編號。

· map -Reference pathway

對於代謝相關的通路，在referencepathway中，一個點同時表示一個基因、這個基因編碼的酶及這個酶參加的反應

· ko -Reference pathway (KO)

ko通路中的點只表示基因

· ec -Reference pathway (EC)

ec通路中的點只表示相關的酶

· rn -Reference pathway (Reaction)

Reaction通路中的點只表示該點參與的某個反應、反應物對及反應類型

· org- Organism-specific pathway map

對於所有的代謝和非代謝通路，K編號都被認為是基因的標識符，這個標識符在每一個物種中對應該物種中的某個基因，從而得到物種特異性的pathway。

 

 

第一類、reference pathway：根據已有的知識繪制的、概括的、詳盡的具有一般參考意義的代謝圖。通路圖中的小框都是白色，方便個性化填充顏色，在KEGG中名字以map開頭，節點代表某一基因、該基因編碼的酶及這個酶參與的反應，比如map00010；

http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?map00010

 

 

第二類、species-specific pathway：物種特有代謝通路圖。綠色小框為該物種特有的基因或酶，只有這些綠色的框有更詳細的信息。KEGG中名字為特定物種種屬英文縮寫，比如人的糖酵解通路圖，hsa00010。

鼠標指向綠色小框，會顯示基因或酶的名字。指向白色框，沒有反應。

http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa00010

 

 

 

 

 

第三類、以ko/ec/rn開頭的Reference pathway：ko通路中的節點只代表基因；ec通路中的節點只代表相關的酶；rn通路中的節點只表示該點參與的某個反應、反應物及反應類型。底色以藍色表示。

例如同樣是糖酵解代謝通路有三種類型：

http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ko00010

http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ec00010

http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?rn00010

 

 

 

代謝通路圖中，一般就是酶，方框里面的數字代表EC編號；小圓圈代表代謝物，點開會出現C00668的信息，C代表compound，00668是這種化合物在KEGG中的編號。

具體官方解釋如下（附鏈接）：

http://www.genome.jp/kegg/document/help_pathway.html

 

 

 

 

REF：

https://www.sohu.com/a/237066605_100199392