KEGG mapper：
輸入：cufdiff生成的差異基因列表（log2fold_change的絕對值>1, pvalue<0.01）
目的：在KEGG網站中，利用KEGG mapper工具進行pathway注釋。
過程：
1. ID轉換：將gene symbol轉換為uniprobID
方法：利用uniprot網站的工具。網址：https://www.uniprot.org/uploadlists/
步驟：
1）准備gene symbol列。只需這一列即可。
2）選擇“gene name” 轉換成“UniProt”。點擊submit。
3）將轉換完成的數據，進行篩選（物種：人，鼠；是否reviewed）。下載篩選后的數據。
問題：
1）該網站在我的linux系統上顯示錯誤，有很多按鈕無法顯示。只能利用其它的window系統實現轉換。
2）該網站不能對4000+個genesymbol進行轉換。我輸入2950個gene symbol后，第一次轉換失敗；第二次轉換成功。
2.KEGG pathway注釋：
方法：將uniprot ID輸入KEGG mapper的列表中（需添加color列），點擊exec。
步驟：
1）網頁的“Organism-specific”，需要輸入正確。點擊旁邊的按鈕可以查找物種的縮寫。（我在此花費了許久）。人：hsa；鼠：mmu
2）網頁的“Optional use of outside ID”，選擇UniProt。
3）點擊Exec即可。
搜索pathway的方法：
在KEGG中，搜索某個pathway的方法：https://www.kegg.jp/kegg/pathway.html
”Enter keywords “部分輸入要搜索的關鍵字，比如“hippo”；點擊Go。即得到搜索的信號通路。
KEGG有各種類型的數據庫；