KEGG PATHWAY Database KEGG PATHWAY 數據庫是一個手工畫的代謝通路的集合,包含以下幾方面的分子間相互作用和反應網絡: 1.新陳代謝 2.遺傳信息加工 3.環境信息加工 4.細胞過程 5.生物體系統 6.人類 ...
KEGG mapper: 輸入:cufdiff生成的差異基因列表 log fold change的絕對值 gt , pvalue lt . 目的:在KEGG網站中,利用KEGG mapper工具進行pathway注釋。 過程: . ID轉換:將gene symbol轉換為uniprobID 方法:利用uniprot網站的工具。網址:https: www.uniprot.org uploadlist ...
2019-10-17 09:30 0 477 推薦指數:
KEGG PATHWAY Database KEGG PATHWAY 數據庫是一個手工畫的代謝通路的集合,包含以下幾方面的分子間相互作用和反應網絡: 1.新陳代謝 2.遺傳信息加工 3.環境信息加工 4.細胞過程 5.生物體系統 6.人類 ...
轉載於 Original 2017-06-20 liuhui 生信百科 KEGG 數據庫中,把功能相似的蛋白質歸為同一組,然后標上 KO 號。通過相似性比對,可以為未知功能的蛋白序列注釋上 KO 號。通過KEGG數據庫的注釋極大的方便我們進行生物學通路的研究,可以直接查看物種某條生物學通路 ...
在 KEGG 數據庫中,把功能相似的蛋白質歸為同一組,然后標上 KO 號。通過相似性比對,可以為未知功能的蛋白序列注釋上 KO 號。 截止到 2015 年 6 月 12 日,KEGG 數據庫中共收錄了 3,904 個完整的基因組。其中 304 個為真核生物,3,600 個為原核生物。在真 ...
我們是在驗證時才使用注釋,這種拿不准確數據來驗證新的數據的方法確實值得思考。 那么GO和KEGG常見注 ...
KEGG 官網提供了API, 可以方便的訪問KEGG 數據庫中的內容,鏈接如下: http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html 利用API可以得到某一個基因參與的pathway 信息, 以human 為例; 1) 第一步,獲取每條pathway具體的描述 ...
clusterProfiler沒有顯性的接口,但是可以直接扣取clusterProfiler里的函數。 核心函數就是get_GO_data GO_DATA <- get_GO_data ...
1⃣️ AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub,顧名思義,就是注釋信息的中裝站。通過它,能找到了幾乎所有的注釋資源。如果沒有,你還可以根據已有的數據用它提供的函數進行構建。 1. 加載AnnotationHub library(AnnotationHub ...
一直都搞不清楚這兩者的具體區別。 其實初學者搞不清楚很正常,因為它們的本質是相通的,都是對基因進行歸類注釋的數據庫。 建議初學者自己使用一下這兩個數據庫,應該很快就能明白其中的區別。 以下以一個案例來詳細說明兩者的區別: 推薦一個沒有任何基礎的人都能使用的gene set注釋工具 ...