DAVID 進行 GO/KEGG 功能富集分析
何為功能富集分析? 功能富集分析是將基因或者蛋白列表分成多個部分,即將一堆基因進行分類,而這里的分類標准往往是按照基因的功能來限定的。換句話說,就是把一個基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,並和 ...
何為功能富集分析? 功能富集分析是將基因或者蛋白列表分成多個部分,即將一堆基因進行分類,而這里的分類標准往往是按照基因的功能來限定的。換句話說,就是把一個基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,並和 ...
網絡圖(Network)看似復雜,其實構成非常簡單,網絡圖是一種圖解模型,形狀如同網絡,故稱網絡圖,由節點(node)和連線(edge)兩個因素組成的。其中 node 又分為 source node( ...
在使用clusterProfiler時,KEGG注釋包,可以自定義。畢竟許多物種的數據庫是不完善的。現在就自定義一個KEGG.db的包,用於KEGG注釋。 第一步,先去上述官方地址找到自己研究的物種 ...
下載地址:http://sangerbox.com/ https://shengxin.ren/article/208 Understanding TCGA mRNA ...
Circos官網 http://circos.ca 在線繪圖工具 http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/ Circos圖的誕生 Cir ...
setwd("GSE29431_RAW") # 進入目錄 fileNames <- list.files() # 獲取目錄下的所有文件sapply(fileNames, gunzip) ...
GEOquery 是 bioconductor 項目下的一個R包 官網:http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery ...