Circos圖


Circos官網   http://circos.ca

在線繪圖工具    http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

Circos圖的誕生

Circos圖誕生於2009年,當時是作為一個繪圖工具類的文章發表在Genome Research(最新IF:9.944)上,其作者是Martin Krzywinski,可為“Circos之父”,我們姑且尊稱他為“馬老師”。從那時出現開始便多次出現在國際知名雜志,比如Nature、Science、Cell上。截止到2019年9月該文章已被引用將近3,500次

Circos圖的用途

Circos圖其實是一個用途非常廣泛的圖形,可以用於表征基本上任何類型的數據,包括把我們常見的散點圖、折線圖等都可以整合到Circos圖中。特別的,Circos圖尤其適合用來描述生物信息學和基因組學的數據。

Circos圖的做法

繪制Circos圖有以下幾種做法,由難到易依次為:

方法一:Perl 語言

官方提供的繪制Circos圖的軟件叫做Circos,是一個由Perl語言編寫的一個非常龐大的軟件,安裝起來非常麻煩:

1. 下載安裝Perl語言

2. 從Circos官方網站下載Circos:http://circos.ca/software/download/

下載好之后就是安裝Circos需要的Perl模塊,粗略統計了一下,Windows中的Active Perl如果要運行Circos,需要安裝十幾個模塊,所以這個很麻煩,難度也很大。

方法二:R語言

推薦幾個可以做Circos圖的R包

-- circlize

-- RCircos

方法三:Circos Table Viewer

這個是Circos官方在線的繪圖工具,網址如下

http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

這個網站很慢,可能還需要翻牆

這是目前為止最為簡潔的繪制Circos圖的方法,只要上傳一個文本文件就可以繪圖了。具體繪圖步驟如下:

1. 進入在線繪圖網站 

http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

 

2. 准備數據

數據需要放到文本文件中,用空格或者制表符分隔

由於Circos Table Viewer不接受小數,將相關系數都乘以1000

 

 3. 上傳文件

點擊 “瀏覽” 上傳文件,然后點擊 “Visualize Table” 即可生成Circos圖

 

 4. 下載Circos圖

 


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