Circos官網 http://circos.ca
在線繪圖工具 http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/
Circos圖的誕生
Circos圖誕生於2009年,當時是作為一個繪圖工具類的文章發表在Genome Research(最新IF:9.944)上,其作者是Martin Krzywinski,可為“Circos之父”,我們姑且尊稱他為“馬老師”。從那時出現開始便多次出現在國際知名雜志,比如Nature、Science、Cell上。截止到2019年9月該文章已被引用將近3,500次
Circos圖的用途
Circos圖其實是一個用途非常廣泛的圖形,可以用於表征基本上任何類型的數據,包括把我們常見的散點圖、折線圖等都可以整合到Circos圖中。特別的,Circos圖尤其適合用來描述生物信息學和基因組學的數據。
Circos圖的做法
繪制Circos圖有以下幾種做法,由難到易依次為:
方法一:Perl 語言
官方提供的繪制Circos圖的軟件叫做Circos,是一個由Perl語言編寫的一個非常龐大的軟件,安裝起來非常麻煩:
1. 下載安裝Perl語言
2. 從Circos官方網站下載Circos:http://circos.ca/software/download/
下載好之后就是安裝Circos需要的Perl模塊,粗略統計了一下,Windows中的Active Perl如果要運行Circos,需要安裝十幾個模塊,所以這個很麻煩,難度也很大。
方法二:R語言
推薦幾個可以做Circos圖的R包
-- circlize
-- RCircos
方法三:Circos Table Viewer
這個是Circos官方在線的繪圖工具,網址如下
http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/
這個網站很慢,可能還需要翻牆
這是目前為止最為簡潔的繪制Circos圖的方法,只要上傳一個文本文件就可以繪圖了。具體繪圖步驟如下:
1. 進入在線繪圖網站
http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/
2. 准備數據
數據需要放到文本文件中,用空格或者制表符分隔
由於Circos Table Viewer不接受小數,將相關系數都乘以1000
3. 上傳文件
點擊 “瀏覽” 上傳文件,然后點擊 “Visualize Table” 即可生成Circos圖
4. 下載Circos圖