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kegg富集分析之:KEGGREST包(9大功能)

這個包依賴極有可能是這個:https://www.kegg.jp/kegg/docs/keggapi.html ,如果可以看懂會很好理解 由於KEGG數據庫分享數據的策略改變,因此KEGG.db包不 ...

Wed Sep 12 23:01:00 CST 2018 0 2407
edgeR

1)簡介 edgeR作用對象是count文件,rows 代表基因,行代表文庫,count代表的是比對到每個基因的reads數目。它主要關注的是差異表達分析,而不是定量基因表達水平。 edgeR w ...

Fri Sep 14 23:43:00 CST 2018 0 1693
用R包來下載sra數據

1)介紹 我們用SRAdb library來對SRA數據進行處理。 SRAdb 可以更方便更快的接入 metadata associated with submission, 包括study, s ...

Sat Sep 22 01:05:00 CST 2018 0 924
airway之workflow

1)airway簡介 在該workflow中,所用的數據集來自RNA-seq,氣道平滑肌細胞(airway smooth muscle cells )用氟美松(糖皮質激素,抗炎葯)處理。例如,哮喘 ...

Wed Sep 19 18:12:00 CST 2018 0 901
topGO

前面我們講過GO.db這個包,現在接着延伸topGO包,該包是用來協助GO富集分析 1)安裝 if("topGO" %in% rownames(installed.packages()) = ...

Tue Sep 11 17:59:00 CST 2018 0 772

 
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