基因組組裝算法
序列組裝算法研究（CNKI） 對基因組組裝算法的分析和研究（CNKI） 基於De Bruij ...
原文：PacBio長reads的大基因組組裝
原文鏈接：Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多種方式利用PacBio長reads來生成和改進大型基因組的de novo組裝。 你可以用幾種不同的方法: PacBio only de novo 組裝。long insert library preprocessed Overlap Layout Consensus algorithm 混合 ...
2016-06-12 13:17 0 4778 推薦指數：
相關推薦
基因組組裝流程
1. 前期准備 背景信息： GC含量 和 GC分布 基因組重復程度 基因組大小估計 雜合情況 最好的情況是對方能提供已經發表的近源物種。根據近源物種分析以上信息，尤其是GC含量以及對應的GC分布，重復程度。 2. 測序策略 根據基因組大小和具體情況選擇個大概的k值 ...
PacBio全基因組測序和組裝
PacBio公司的業務范圍也就5個（官網）： Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencing Epigenetics 其中全基因組測序應該是PacBio ...
基因組組裝結果質量評估
參考：【干貨】基因組組裝你了解多少？ -- 諾禾致源 動植物基因組de novo工作，其組裝指標的好壞直接影響着整個基因組的質量。而評估基因組組裝結果，contigN50和scaffoldN50是第一指標，即contig/ scaffoldN50：將contig/scaffold長度從長到 ...
基因組組裝項目的十二步建議
目錄 1. 建立項目團體 2. 收集目標基因組信息 3. 設計最佳實驗流程 4. 選擇最佳測序平台和准備文庫 5. 選擇最佳DNA來源和提取方法 6. 檢查計算資源與要求 7. 選擇最佳計算設計和流程 8. 基因組組裝 9. 在注釋前檢查組裝 ...
基因組組裝工具之 SOAPdenovo 使用方法
SOAPdenovo是一個新穎的適用於組裝短reads的方法，能組裝出類似人類基因組大小的de novo草圖。 該軟件特地設計用來組裝Illumina GA short reads，新的版本減少了在圖創建時的內存消耗，解決了contig組裝時的重復區域的問題，增加了scaffold組裝時的覆蓋度 ...
動植物基因組組裝要點小結
目錄 組裝策略 輔助技術 PacBio補充 流程 主要分析內容 組裝 評估 注釋 比較基因組 組裝策略 二代測序平台如Illumina、BGI，穩定可靠，數據質量高，成本低，讀長短。 三代測序平台 ...
【基因組組裝】HiC掛載Juicebox糾錯補充
目錄 1. 主要糾錯類型 misjoins translocations inversions chromosome boundarie ...