參考：【干貨】基因組組裝你了解多少？ -- 諾禾致源
動植物基因組de novo工作，其組裝指標的好壞直接影響着整個基因組的質量。而評估基因組組裝結果，contigN50和scaffoldN50是第一指標，即contig/ scaffoldN50：將contig/scaffold長度從長到短進行排序並累加，當累加和達到contig/scaffold總長度的50%的時候，最后參與加和的那一條contig/scaffold長度即為contig/ scaffoldN50的長度。一般來說，contig/scaffoldN50越長，表示組裝結果越好。
但是，N50指標高就意味着組裝結果就一定可靠嗎？
不一定！將一些不相關的reads或者contig錯誤的連接為scaffold，一樣可以達到很高的scaffoldN50。
目前高水平文章發表，組裝指標固然是一方面，但真正決定文章發表檔次的，是生物學故事是否足夠完美，有亮點。我們知道，后續分析依賴的基礎便是組裝得到的基因組，因此，不可靠的組裝結果，對基因組后續分析會造成很大的困擾，甚至會得出錯誤的生物學結論。
那么，如何才能檢驗一個基因組組裝結果的可靠性呢？
1、 序列一致性評估：
基因組是通過reads組裝得到，這一步，是將reads比到基因組上，驗證reads對基因組的覆蓋情況，用於評估組裝的完整性以及測序的均勻性。較高的mapping rate（90%以上）以及coverage（95%以上）認為組裝結果和reads有比較好的一致性。
2、 序列完整性評估：
所謂完整性評估，即評估組裝得到的基因組對基因區的覆蓋程度，一般需要借助RNA方面的證據進行評估，如EST數據或RNA reads。由於用來評估的RNA方面證據不同，得到的比例也會有差別。一般來說，50%的scaffold覆蓋基因的95%以上，85%的scaffold覆蓋基因的90%以上，認為組裝較完整。
3、 准確性評估：
通過全長BAC序列，可以通過與組裝結果的比對，對組裝結果的正確性進行驗證，從BAC序列和scaffold是否具有較好的一致性來判斷組裝質量。
4、 保守性基因評估：
即根據廣泛存在於大量真核生物中的保守蛋白家族集合（248個core gene庫），對組裝得到基因組進行評估，評估組裝基因組中的core gene的准確性和完整性。可以通過該物種和同源物種cegma的比例，判斷保守基因組裝情況。
通過以上四個方面基本上可以對基因組組裝結果有個大致的評估，以2015年4月諾禾發表的基因組文章陸地棉為例，來分析一下組裝出來的基因組可靠性評估：
1. 組裝結果基本信息統計
可以看到組裝出來基因組為2.4G，cover陸地棉基因組96%,(Survey預估基因組為2.5G)，contigN50為34K, scaffoldN50為1.6M，定位到遺傳圖譜上的scaffold有1.9G(9%)，其中A亞種contigN50為30.7K，scaffoldN50為1.4M，D亞種contigN50為47.2K，scaffoldN50為2.5M。
2. 一致性評估：
從reads的mapping率以及對基因組的coverage比率來看，有較好的一致性。
3. 完整性評估：
采用1 ,054 條G. hirsutum.全長mRNA序列進行完整性評估，可以看到有90%的mRNA被一條scaffold覆蓋的比例為94%以上，即有94%的基因是組裝完整的；有50%的mRNA被一條scaffold覆蓋的比例為99%以上，即有99%的基因是組裝出來的。說明組裝版本有很好的完整性。
4. 准確性評估：
采用該物種的四條全長BAC序列對組裝結果進行評估，紅線代表BAC序列，藍線代表scaffold序列，空白區代表scaffold上的gap區，橘黃色線代表BAC和scaffold比對上的區間塊。從上圖也可以看到組裝結果和BAC序列有很好的比對結果，即說明組裝有較高的正確性。
另外，從染色體角度，也可以驗證組裝結果，如下圖所示，采用諾禾組裝的四倍體棉花D亞組同已發表的JGI組織以及BGI組織發表的雷蒙德氏棉花進行全基因組比對，可以看到，a圖，諾禾的組裝版本與JGI組織組裝得到的基因組有很好的共線性，眾所周知，JGI組織發表的棉花基因組是采用Sanger測序，並進行多種驗證的組裝版本，具有很高的正確性和指導性，進一步說明諾禾的組裝版本有很好的准確性。
5. 保守基因評估：
可以看到，組裝得到240個core gene，其中有231個core gene是完整的。
綜上，諾禾組裝結果不但可以承諾高指標，並且有嚴謹的評估標准對組裝結果進行評估，保證組裝結果的准確性。