1. 主要糾錯類型
上篇HiC掛載軟件以及如何用Juice_box手工糾錯？我吐槽了Juicebox操作麻煩，且沒有詳細文檔。今天在3d-dna流程3D de novo assembly (3D-DNA) pipeline中，終於找到Juicebox的官方文檔了：http://aidenlab.org/assembly/manual_180322.pdf
第1-4章主要說明3d-dna流程，第5章介紹了Juicebox，文中說得比較詳細。
關於糾錯的操作，主要有以下幾類：
misjoins
translocations
inversions
chromosome boundaries
轉折符號即可，比昨天記錄的操作要簡單多了。
2. 其他有用操作
撤銷與反撤銷
- 操作撤銷：右擊選擇，或者快捷鍵（ctrl+u撤銷，ctrl+r反撤銷）。
- zoom撤銷：放大放小也要經常操作，右擊選擇。
移到邊角料
當基因組要求准確性比覆蓋度需求更高時，將邊角料debris移到組裝最末端，尤其對於稀疏熱圖或模糊信號。
如下圖：
另外，除了上次提到的0-2.hic和0-2.assembly，如果一開始要追求一個好的染色體邊界，可用rawchrom.assembly和rawchrom.hc試試。
基本上操作已經熟練了，最重要的也是最難的部分是人眼識別錯誤，並進行合理修正。如果覺得很煩，可參考徐州更發布的治愈系視頻用juicerbox分析HIC數據，可能心情會好點。