目錄 1.常用HiC掛載軟件 2. Juice_box手工糾錯 1.常用HiC掛載軟件 ALLHiC 張興坦老師專為多倍體和高雜合度物種基因組掛載開發。如果是復雜基因組,肯定是首選。對於簡單基因組,我跑了下,結果不佳。提了issue,張老師特意開發 ...
目錄 . 主要糾錯類型 misjoins translocations inversions chromosome boundaries . 其他有用操作 撤銷與反撤銷 移到邊角料 . 主要糾錯類型 上篇HiC掛載軟件以及如何用Juice box手工糾錯 我吐槽了Juicebox操作麻煩,且沒有詳細文檔。今天在 d dna流程 D de novo assembly D DNA pipeline中 ...
2021-03-29 18:12 0 711 推薦指數:
目錄 1.常用HiC掛載軟件 2. Juice_box手工糾錯 1.常用HiC掛載軟件 ALLHiC 張興坦老師專為多倍體和高雜合度物種基因組掛載開發。如果是復雜基因組,肯定是首選。對於簡單基因組,我跑了下,結果不佳。提了issue,張老師特意開發 ...
序列組裝算法研究(CNKI) 對基因組組裝算法的分析和研究(CNKI) 基於De Bruij ...
1. 前期准備 背景信息: GC含量 和 GC分布 基因組重復程度 基因組大小估計 雜合情況 最好的情況是對方能提供已經發表的近源物種。根據近源物種分析以上信息,尤其是GC含量以及對應的GC分布,重復程度。 2. 測序策略 根據基因組大小和具體情況選擇個大概的k值 ...
原文鏈接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多種方式利用PacBio長reads來生成和改進大型基因組的de novo組裝。 你可以用幾種不同的方法: PacBio-only de novo 組裝。long insert ...
參考:【干貨】基因組組裝你了解多少? -- 諾禾致源 動植物基因組de novo工作,其組裝指標的好壞直接影響着整個基因組的質量。而評估基因組組裝結果,contigN50和scaffoldN50是第一指標,即contig/ scaffoldN50:將contig/scaffold長度從長到 ...
和長度,改進了gap closing,更加適用於大型基因組組裝。 (SOAPdenovo是為了組裝大 ...
目錄 1. 建立項目團體 2. 收集目標基因組信息 3. 設計最佳實驗流程 4. 選擇最佳測序平台和准備文庫 5. 選擇最佳DNA來源和提取方法 6. 檢查計算資源與要求 7. 選擇最佳計算設計和流程 8. 基因組組裝 9. 在注釋前檢查組裝 ...
目錄 組裝策略 輔助技術 PacBio補充 流程 主要分析內容 組裝 評估 注釋 比較基因組 組裝策略 二代測序平台如Illumina、BGI,穩定可靠,數據質量高,成本低,讀長短。 三代測序平台 ...