原文:【基因組組裝】HiC掛載Juicebox糾錯補充

目錄 . 主要糾錯類型 misjoins translocations inversions chromosome boundaries . 其他有用操作 撤銷與反撤銷 移到邊角料 . 主要糾錯類型 上篇HiC掛載軟件以及如何用Juice box手工糾錯 我吐槽了Juicebox操作麻煩,且沒有詳細文檔。今天在 d dna流程 D de novo assembly D DNA pipeline中 ...

2021-03-29 18:12 0 711 推薦指數:

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基因組組裝HiC掛載軟件以及如何用Juice_box手工糾錯

目錄 1.常用HiC掛載軟件 2. Juice_box手工糾錯 1.常用HiC掛載軟件 ALLHiC 張興坦老師專為多倍體和高雜合度物種基因組掛載開發。如果是復雜基因組,肯定是首選。對於簡單基因組,我跑了下,結果不佳。提了issue,張老師特意開發 ...

Mon Mar 29 07:18:00 CST 2021 0 1036
基因組組裝算法

序列組裝算法研究(CNKI) 對基因組組裝算法的分析和研究(CNKI) 基於De Bruij ...

Thu Jun 16 18:38:00 CST 2016 0 16483
基因組組裝流程

1. 前期准備 背景信息: GC含量 和 GC分布 基因組重復程度 基因組大小估計 雜合情況 最好的情況是對方能提供已經發表的近源物種。根據近源物種分析以上信息,尤其是GC含量以及對應的GC分布,重復程度。 2. 測序策略 根據基因組大小和具體情況選擇個大概的k值 ...

Sun Jun 12 23:05:00 CST 2016 0 16098
PacBio長reads的大基因組組裝

原文鏈接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多種方式利用PacBio長reads來生成和改進大型基因組的de novo組裝。 你可以用幾種不同的方法: PacBio-only de novo 組裝。long insert ...

Sun Jun 12 21:17:00 CST 2016 0 4778
基因組組裝結果質量評估

參考:【干貨】基因組組裝你了解多少? -- 諾禾致源 動植物基因組de novo工作,其組裝指標的好壞直接影響着整個基因組的質量。而評估基因組組裝結果,contigN50和scaffoldN50是第一指標,即contig/ scaffoldN50:將contig/scaffold長度從長到 ...

Wed Jul 27 21:45:00 CST 2016 0 5327
基因組組裝項目的十二步建議

目錄 1. 建立項目團體 2. 收集目標基因組信息 3. 設計最佳實驗流程 4. 選擇最佳測序平台和准備文庫 5. 選擇最佳DNA來源和提取方法 6. 檢查計算資源與要求 7. 選擇最佳計算設計和流程 8. 基因組組裝 9. 在注釋前檢查組裝 ...

Tue Feb 02 06:35:00 CST 2021 0 549
動植物基因組組裝要點小結

目錄 組裝策略 輔助技術 PacBio補充 流程 主要分析內容 組裝 評估 注釋 比較基因組 組裝策略 二代測序平台如Illumina、BGI,穩定可靠,數據質量高,成本低,讀長短。 三代測序平台 ...

Wed Jan 13 19:55:00 CST 2021 0 449
 
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