【基因組組裝評估】轉錄組比對率
做完基因組組裝后，通常要評估基因組的質量，目前可以采用二三代數據比對回基因組看比對率和coverage，BUSCO，LAI等。轉錄組數據比對率也是我們常用的方法，通常可以排除轉錄組數據是否存在問題，也方便在后續注釋中排除轉錄組數據樣本的問題。 可以用HiSAT2比對來查看比對率 ...
原文：基因組組裝結果質量評估
參考： 干貨 基因組組裝你了解多少 諾禾致源 動植物基因組de novo工作，其組裝指標的好壞直接影響着整個基因組的質量。而評估基因組組裝結果，contigN 和scaffoldN 是第一指標，即contig scaffoldN ：將contig scaffold長度從長到短進行排序並累加，當累加和達到contig scaffold總長度的 的時候，最后參與加和的那一條contig scaffol ...
2016-07-27 13:45 0 5327 推薦指數：
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