samtools 的使用
主要介紹一下 SAMtools 的用法。它被譽為 NGS 里面的 瑞士軍刀，功能很是強大，所以值得好好學習一番。 文檔參考 總站 samtools-mannual github-samtools 標准流程 推薦： blog SAMtools: Primer ...
原文：samtools idxstats
有很多種格式來記錄mapping的結果，大多數都收錄在UCSC的幫助文檔中。在mapping之后，如何對mapping的結果進行評估呢 最簡單的，就是通過samtools來評估mapping質量了。 samtools idxstats aln.sorted.bam 注意，這一步之前需要經過sort和index。結果會顯示： chr chr chr chr chr chr chr chr chr c ...
2015-07-16 11:19 0 1976 推薦指數：
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samtools flags 的含義
對於雙端比對的數據，生成的BAM文件中，R1端序列和R2端序列的標識符是一樣的，之前一直不知道如何根據bam文件區分哪條序列是R1端，哪條序列是R2端，昨天仔細研究了一下，原來代表R1端和R2端的信息 ...
[SAMtools] 常用指令總結
源自：http://sanwen.net/a/hirxmpo.html samtools是一系列處理bam和sam格式文件的應用程序集合，具有眾多的功能。 首先呢，bam和sam文件主要是bwa、bowtie、tophat等序列比對工具產生的，這些軟件我們后面會談到。 軟件下載安裝： 地址 ...
samtools的用法簡介
1.SAM（sequence Alignment/mapping)數據格式是目前高通量測序中存放比對數據的標准格式，當然他可以用於存放未比對的數據 2.AMTools的主要功能如下： vi ...
samtools 安裝使用
官網： https://github.com/samtools/samtools https://github.com/samtools/samtools/releases https://github.com/samtools/samtools/blob/develop/INSTALL ...
samtools軟件作用
samtools的說明文檔：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一個用於操作sam和bam文件的工具合集，包含有許多命令。以下是常用命令的介紹： view命令的主要功能： 將sam文件轉換成bam文件 ...
samtools 使用簡述
功能如下： 1、View 主要功能講sam文件轉位bam文件。 涉及的參數： -b 輸出bam格式。。默認是sam文件 -h 輸出的sam文件帶header。。默認不 ...
samtools和bcftools使用說明
轉自：http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.html samtools是一個用於操作sam和bam文件的工具合集。包含有許多命令。以下是常用命令的介紹 1. view view命令的主要功能是：將sam文件轉換成bam文件；然后對bam文件進行 ...