Roche 454，Solexa和ABI SOLID均有單端測序和雙端測序兩種方式。在基因組De Novo測序過程中，Roche454的單端測序讀長可以達到400p，經常用於基因組骨架的組裝，而Sol ...

一、bwa比對軟件的使用 1、對參考基因組構建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 參數：is[默認] or bwtsw，即bwa構建索引的兩種算法，兩種算法 ...

背景： 1、為什么要從頭測序組裝基因組？ 基因組是不同表型的遺傳基礎；獲得參考基因組是深入研究一個生物體全基因組的第一步也是必須的一步；從頭測序組裝能夠對新的測序物種構建參考基因組； ...

samtools faidx 能夠對fasta 序列建立一個后綴為.fai 的文件，根據這個.fai 文件和原始的fastsa文件， 能夠快速的提取任意區域的序列 用法： samtools fai ...

1. Velvet的安裝 Velvet用於基因組的de novo組裝，支持各種原始數據，包括Illumina的short reads和454的long reads。 首先下載velvet的安裝包， ...

Mothur命令教程從這個頁面http://www.mothur.org/wiki/Category:Commands上查閱的所有命令，根據個人理解翻譯了一下。個人能力有限，會有不當之處。A-G (查 ...

Mothur命令中文解釋——Mothur中文簡易教程這些是mothur H-Z的目前所有命令的說明的翻譯，第二部分。（使用Ctrl+F搜索你所查命令）參看http://www.mothur.org/w ...