考慮到cnblog不適合基因組領域這種類型的文章， 最終，我自己開通了公眾號：鹼基礦工，歡迎感興趣的同學關注！ 也可以關注我的知乎：https://www.zhihu.com/people/y ...

轉：https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下載SRA http ...

主要介紹如何分析RNA-seq 數據 參考文檔 Wikipedia-RNA-seq paper: RNA-Seq: a revolutionary tool for transcrip ...

高通量測序技術，就是二代測序，已經成為現代生物學研究的一個較為常規的實驗手段。這一技術的發展極大地推動了基因組學，表觀基因組學以及翻譯組學的研究。RNA-seq 通過測定穩定狀態下的RNA樣品的序列來 ...

RNA-seq是透過次世代定序的技術來偵測基因表現量的方法，在衡量基因表現量時，若是單純以map到的read數來計算基因的表現量，在統計上是一件相當不合理事，因為在隨機抽樣的情況下，序列較長的基因被抽 ...

本文主要介紹如何安裝和使用 sra-tools 這個軟件，主要用途還是把NGS序列原始數據從 sra 格式轉換到 fastq 格式，以便於后續的數據分析。 下載 SRA Toolkit ...

GATK的pipeline使用WDL進行編寫 WDL是一種流程管理語言，內置的支持並行，適合編寫pipeline 運行wdl腳本需要兩步：第一步編輯參數列表對應的json文件，第二步直接運行Cro ...

安裝 FastQC FastQC 下載 解壓 設置權限 加入到 PATH 測試 應該能看到幫助信息，說明已經安裝成功 ...

安裝 Picard picard 下載 解壓 安裝 應該能看到各種信息，用法等，說明 picard 已經安裝成功 ...

如何划窗統計測序數據的reads數（depth）：https://blog.csdn.net/shenshenwu666/article/details/80936374 方法1，用samtools ...