GATK --- wdl 語言

GATK的pipeline使用WDL進行編寫

WDL是一種流程管理語言，內置的支持並行，適合編寫pipeline

運行wdl腳本需要兩步：第一步編輯參數列表對應的json文件，第二步直接運行Cromwell.jar

eg

workflow helloWorld{
    call myTask;
}

task myTask{
    commond{
        echo "hello world"
    }
    
    output {
        String out = read_string(stdout())
    }
}

對於一個WDL腳本，有5個核心結構：

1，workflow

2, task：代表任務，讀取輸入文件，執行相應的commond，然后輸出output。task中可以有參數。

3， call

4， commond

5， output

一個腳本包括1個workflow，一個workflow由多個task構成，並在workflow中通過call調用。每個task在workflow代碼塊之外單獨定義。包括多個commond

如：task中的參數：

task task_1{
    File ref
    File in
    String id
       
    commond{
        do_stuff R = ${ref} I=${in} O=${id}.ext
    }
    
    output{
        File out = "${id}.ext"
    }
}

workflow 中的參數，傳遞參數給task時，直接傳變量名

task 之間具有多種關系。理論上每個task 只可以調用1次，若調用多次，需要借助task alias。例如：

workflow taskAlias{
    File firstInput
    File secondInput
    call stepA as firstSample { 
        input: in=firstInput
    }
    call stepA as secondSample{
        input: in = secondInput
    }
    call stepB{input: in=firstSample.out}
    call stepC{input: in=secondSample.out}
}

task stepA{
    File in
    commond{ programA I=${in} O=outputA.ext}
    output{File out="outputA.ext"}
}

task stepB{
    File in
    commond{ programA I=${in} O=outputB.ext}
    output{File out="outputB.ext"}
}

task stepA{
    File in
    commond{ programA I=${in} O=outputC.ext}
    output{File out="outputC.ext"}
}

運行WDL腳本，需要：

1，cromwell.jar

2，womtools.jar

第一步是得到輸入的參數列表：用json格式存儲，這一步知識一個模板，需要編輯這個文件，將對應的參數替換成實際需要的參數

java -jar womtools.jar inputs myWorkflow.wdl > myWorkflow_inputs.json

第二步，運行腳本

java -jar Cromwell.jar run myWorkflow.wdl -inputs myWorkflow_inputs.json

[轉載：https://www.jianshu.com/p/42f377e20ff7]