WDL中文教程

原文連接：https://github.com/openwdl/wdl/blob/main/versions/1.1/SPEC.md#workflow-description-language-wdl

該教程基於工作流描述語言（Workflow Description Language,WDL）1.1版本。相較於1.0版本，新增特性以✨符號標注。后續版本會移除的特征以🗑符號標注。

目錄

• WDL中文教程
  • 引言
    • 一個WDL工作流的例子
    • 執行一個WDL工作流

引言

工作流描述語言（Workflow Description Language），簡稱WDL，是一門開源的、標准化的以及人類可讀寫的用於描述任務和工作流的編程語言。WDL設計的初衷是作為一種通用的工作流程語言，但它在生物信息學領域應用最為廣泛。WDL社區用戶會在Dockstore上分享他們的工作流程實例。

該文檔提供WDL的詳細技術細節，WDL的新用戶可能更適合類似learn-wdl這樣更加友好的教程。

該部分展示一個WDL的簡短例子，隨后的章節為WDL用戶提供介紹相關細節：

• 語言特性: 對WDL語法的描述。

• 標准庫: WDL可調用的函數的目錄。

• 輸入輸出格式: WDL支持的標准輸入和輸出格式的描述。

• 附錄: 包含說明書各個部分的更詳細的信息。

一個WDL工作流的例子

  task hello {
  input {
    File infile
    String pattern
  }
  command <<<
    egrep '~{pattern}' '~{infile}'
  >>>
  runtime {
    container: "my_image:latest"
  }
  output {
    Array[String] matches = read_lines(stdout())
  }
  }
  workflow wf {
  input {
    File infile
    String pattern
  }
  call hello {
    input: infile, pattern
  }
  output {
    Array[String] matches = hello.matches
  }
  }

上述WDL文件描述一個稱為hello的task，和一個稱為wf的workflow。

• task封裝了一個Bash腳本和一個UNIX環境，並將它們表示為一個可復用的函數。

• workflow封裝用於指定任務調用的有向、無循環圖，該圖將輸入數據轉換為所需的輸出。

workflows和tasks都能接收輸入參數，也都能產生輸出結果。例如，workflow wf有兩個輸入參數：File infile和String pattern，有一個輸出參數：Array[String] matches。這個簡單的workflow調用task hello，該調用過程將workflow的輸入傳遞為task的輸入，並將call hello的調用結果作為workflow的輸出結果。

執行一個WDL工作流