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GATK--數據預處理,質控,檢測變異

版權聲明:本文源自 解螺旋的礦工, 由 XP 整理發表,共 13781 字。 轉載請注明:從零開始完整學習全基因組測序(WGS)數據分析:第4節 構建WGS主流程 | Public Libr ...

Tue Oct 16 23:49:00 CST 2018 0 4124
GATK4.1 call SNP

GATK4.0 和之前的版本相比還是有較大的不同,更加趨於流程化。 軟件安裝 GATK 簡單說明 GATK分析簡要流程 所需數據 : ...

Sat Mar 14 00:35:00 CST 2020 5 3102
GATK4注意事項

近期在測試多樣品的WES的過程中發現用HC得到gvcf之后,合並多個樣品的gvcf文件的過程中,使用CombineGVCFs的過程中很慢,發現官網推薦使用GenomicsDBImport 用法如下: ...

Thu Aug 01 22:20:00 CST 2019 0 1176
GATK --- wdl 語言

GATK的pipeline使用WDL進行編寫 WDL是一種流程管理語言,內置的支持並行,適合編寫pipeline 運行wdl腳本需要兩步:第一步編輯參數列表對應的json文件,第二步直接運行Cro ...

Wed Oct 17 01:24:00 CST 2018 0 1485

 
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