本周最新文獻速遞20211017

本文轉載自查看原文 2021-10-17 23:08 113 每周文獻

本周最新文獻速遞20211017

一、精細解讀文獻一

文獻題目： Genetic investigation of fibromuscular dysplasia identifies risk loci and shared genetics with common cardiovascular diseases

不想看英文題目： 遺傳學研究鑒定纖維肌性發育不良風險位點和常見心血管疾病的遺傳共享

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

研究意義： 腎血管性高血壓由多種因素引起，包括動脈粥樣硬化和纖維肌性發育不良 (FMD) 。雖然動脈粥樣硬化已被廣泛研究，但對 FMD 的發病機制或遺傳學研究知之甚少。迄今為止，只有 PHACTR1 被報道與 FMD 相關；

結論：

總共納入 6 項隊列、550 萬個常見遺傳變異（MAF > 0.01）、1556 例病例和 7100 例對照樣本；
FMD 的遺傳度為 0.43；
薈萃分析鑒定了四個基因座與 FMD 相關，其中 PHACTR1 之前文獻報道過；
使用 MAGMA 進行 gene-based 關聯分析，鑒定了 5 個基因，均在前面發現的四個基因座中；

對 FMD 相關位點進行共定位分析，發現 FMD 與脛動脈組織上的三個 eQTL 共定位（概率分別為100％，100％和98.3％）；

使用 FUSION 進行全轉錄組關聯研究（TWAS），發現PHACTR1（P = 1.1 × 10 ^-11 ）、LRP1（P = 2.7 × 10 ^-10 ）和 FMD 顯着關聯；
使用人頸動脈來源原代細胞的 ATAC-Seq 數據進行注釋，發現 FMD 相關基因座主要位於動脈和血管平滑肌細胞（VSMCs）的調節元件中；

將 FMD 相關位點進行遺傳共享分析，發現 FMD 相關位點與血壓、高血壓表型相關；

對 FMD 進行遺傳相關性分析，發現 FMD 與多種血管疾病遺傳相關；

亮點：

首次對 FMD 表型進行大規律全基因組關聯分析；
整合 FMD 相關位點和 ATAC-Seq 公共數據進行 fine-mapping ;

局限： 發現的相關位點太少，沒有足夠 power 進行因果推斷；

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-021-26174-2

公開的資料：

ATAC-Seq數據：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/690001
Summary statistics：GWAS catalogue database，GCST90026612

二、精細解讀文獻二

文獻題目： Genetic overlap and causality between blood metabolites and migraine

不想看英文題目： 血液代謝物與偏頭痛之間的遺傳重疊和因果關系研究

雜志和影響因子： Am J Hum Genet (IF: 11.03; Q1)

研究意義： 偏頭痛屬於偶發性腦部疾病，對個人和社會經濟帶來巨大負擔，是世界范圍內第二大致殘原因。血液代謝組學可以深入了解偏頭痛患者潛在的代謝情況，並確定新的診斷和治療靶標。

結論：

從八個研究隊列中收集了 972 個血液特征 GWAS summary 數據，涉及樣本量 7,824 個；
計算 972 個血液特征的遺傳度，發現遺傳度與樣本量(r = 0.17, p = 1 × 10^-7) 和納入的 SNP 數量 (r = 0.12, p = 9 × 10^-5)呈正相關；
為了提供統計檢驗性能，作者只納入血液特征遺傳度達到顯著 (Z score of h²_SNP > 1.64, p_one-sided value < 0.05)的表型進行分析，總共有 316 個表型；
根據 HMDB 數據庫的注釋結果，將 316 個血液特征表型分為 10 個大類和 24 個小類，發現不同類別間的遺傳度差異很大；

對偏頭痛和血液特征進行遺傳相關性分析，發現偏頭痛與 29 種血液特征正遺傳相關，與 15 種血液特征負遺傳相關；

使用 GWAS-PW 鑒定多基因效應位點，發現多個基因座同時影響偏頭痛和血液特征，以基因座 chr9:135.3–137 Mb 為例，該基因座同時與偏頭痛和 19 種血液特征相關；

使用 GSMR 對血液特征和偏頭痛進行因果效應分析，結果發現 3 種血液特征對偏頭痛具有因果效應，更高水平的 LPE(20:4) (b_xy = 0.23, p = 0.03)、更短的脂肪酸(b_xy = –0.07, p = 0.03) 以及低水平的 X-11315 (b_xy = –0.17, p = 0.05) 增加偏頭痛風險；

亮點： 作者這里計算遺傳相關性采用的不是經典 LDSC 方法，而是將 SNP 的 Zscore 進行相關性分析，隨后得到的 r 值用於表征遺傳相關，可以借鑒一下（如果 LDSC 的結果不理想）。至於為什么不用 LDSC 方法，是因為 LDSC 計算出來的遺傳度很低，而且大多數都是不顯著的，見下圖（左邊用 Zscore算出來的，右邊為 LDSC 算出來的）：

文章鏈接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34644541/

三、其他文獻推薦

下面的文獻也挺精彩的，但由於下不到原文，或博主時間有限，沒法精細解讀，故列出來供各位參閱；
當然，你們有精彩的文獻想讓我解讀的（前提是一周內剛出爐的文獻），可給我發pdf（然而可能種種原因，我不一定有時間解讀，不要對我抱太高期待）；

文獻題目： The dynamic, combinatorial cis-regulatory lexicon of epidermal differentiation

不想看英文題目： 表皮分化的動態組合順式調控元件（整合不同時期的 ATAC-seq 和 RNA-SEQ 數據檢測動態調控元件組合）

雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41588-021-00947-3

文獻題目： A metabolome atlas of the aging mouse brain

不想看英文題目： 衰老小鼠大腦的代謝組圖譜

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-021-26310-y

文獻題目： Multi-omics colocalization with genome-wide association studies reveals a context-specific genetic mechanism at a childhood onset asthma risk locus

不想看英文題目： 多組學共定位揭示兒童哮喘風險位點的遺傳機制

雜志和影響因子： Genome Med (IF: 11.12; Q1)

文章鏈接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34629083/

文獻題目： Mendelian randomization to assess causality between uromodulin, blood pressure and chronic kidney disease

不想看英文題目： 孟德爾隨機化評估尿調素、血壓和慢性腎病之間的因果關系

雜志和影響因子： Kidney Int (IF: 10.61; Q1)

文章鏈接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34634361/