本周最新文獻速遞20210912
一、精細解讀文獻 一
文獻題目： Deciphering osteoarthritis genetics across 826,690 individuals from 9 populations
不想看英文題目： 破譯 9 個人群、 826,690 個人的骨關節炎遺傳學研究
雜志和影響因子： Cell (IF: 38.637; Q1)
研究意義： 骨關節炎是導致殘疾和疼痛的主要原因之一，超過 3 億人受到影響。全基因組關聯分析（GWAS）鑒定了 96 個骨關節炎風險變異位點，但這些位點只能解釋一小部分表型方差，且目前發現的變異位點主要與膝關節和髖關節炎相關。
結論：
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總共納入9個人群、13個隊列、826,690 個個體（177,517 名骨關節炎患者）、11 種不同部位的骨關節炎表型；
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找到了11,897個顯著的SNVs(p < 1.3 × 10-8)，223 個獨立的信號、部分獨立信號在不同的關節炎表型中存在重合，52個獨立的信號之前未被報道過；
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對性別進行分層分析，發現了 3 個新的女性特有的風險位點，其中rs116112221最近的蛋白編碼基因FANCL與人類卵巢早衰相關。此外，rs10282983在女性和男性中的作用方向是相反的(女性 OR = 1.15，95 % CI = 1.11–1.19，P= 2.21 × 10-14；男性 OR = 0.92，95% CI = 0.88–0.96，P = 5.16 × 10-4), rs10282983上的C8orf34被報道與腰臀比、足跟骨密度、骨關節炎相關；
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對發病時間進行分層分析，發現了1個新的位點與早發型骨關節炎相關(rs148693048；p = 3.37 × 10-8，OR = 6.26，95% CI = 3.26– 12.00)；
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對表型進行交叉分析，發現大多數SNVs（>60/100）與多種骨關節炎亞型相關，有 42 個SNVs在承重和非承重關節炎（手骨關節炎）間顯示較強關聯;
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對多種表型進行遺傳關聯分析，發現骨關節炎與坐骨神經痛、纖維肌痛、頭痛和背痛表型等存在較高相關性；
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整合精細定位、eQTL 共定位分析、動物模型數據、人類肌肉骨骼和神經元表型數據、功能基因組學和因果推斷分析，鑒定了 77 個潛在的效應基因（至少有 3 個不同證據支持），其中CHST3、SMAD3和GDF5有6 個不同的證據表明它們參與骨關節炎過程；
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對637 個基因（至少一種證據表明參與骨關節炎過程）進行葯物靶標分析，發現 205 個基因存在於葯物基因組數據庫中，揭示其可作為潛在的臨床治療靶標；
文章鏈接：
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)00941-7
公開的資料：
- summary statistics：https://mskkp.org/
- code：https://github.com/hmgu-itg/Genetics-of-Osteoarthritis-1
二、精細解讀文獻 二
文獻題目： A genome-wide association study with 1,126,563 individuals identifies new risk loci for Alzheimer’s disease
不想看英文題目： 1,126,563例樣本的全基因組關聯分析鑒定阿爾茨海默病新風險位點
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 27.603; Q1)
研究意義： 遲發型阿爾茨海默病 (LOAD)是一種與年齡相關的多基因疾病，占痴呆病例的 50-70%。目前，只有一小部分阿爾茨海默病變異位點被鑒定出來。
結論：
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總共包含13個研究隊列、 1,126,563 個人；
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通過薈萃分析鑒定了 38 個獨立基因座、3,915 個顯着變異位點5 × 10-8，7個基因座之前未被報道過；
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使用MAGMA、FUMA等進行組織類型、細胞類型和基因集富集分析，發現 LOAD 相關基因主要在脾臟、小膠質細胞、免疫細胞等富集；
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結合DrugBank、免疫組織、大腦和小膠質細胞的eQTL數據，對38個基因座進行共定位分析，發現了19個共定位位點以及 9 個基因（TNIP1、MADD、APH1B、GRN、AC004687.2、ACE、NTN5、CD33和CASS4）；
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為了進一步縮小causal區域，使用susieR對共定位的結果進行優化排序，發現多個先前未鑒定的基因座被susieR優化，說明先進行共定位分析再用susieR優化可有效檢測新的causal位點。以 locus 7 的 rs871269為例 (PIP>0.99)，其位於TNIP1的內含子區域，為血液組織中GPX3、TNIP1和SLC36A1的eQTL位點，之前的文獻雖然發現跟rs871269存在LD的rs34294852也支持rs871269為causal位點，但因為rs34294852不在1000G(EUR)參考人群中，導致先前文獻的精細定位結果不認為 rs871269 為因果位點（缺乏足夠多的證據）；
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41588-021-00921-z
公開的資料：
- summary statistics：https://ctg.cncr.nl/software/summary_statistics
- code：https://github.com/dwightman/PGC-ALZ2
三、其他文獻推薦
下面的文獻也挺精彩的，但由於下不到原文，或博主時間有限，沒法精細解讀，故列出來供各位參閱；
當然，你們有精彩的文獻想讓我解讀的（前提是一周內剛出爐的文獻），可給我發pdf（然而可能種種原因，我不一定有時間解讀，不要對我抱太高期待）；
文獻題目： Large-scale cis- and trans-eQTL analyses identify thousands of genetic loci and polygenic scores that regulate blood gene expression
不想看英文題目： 大規模順式和反式 eQTL 分析鑒定數千個調節血液基因表達的遺傳位點和多基因評分
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 27.603; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41588-021-00913-z
文獻題目： Sex differences in genetic architecture in the UK Biobank
不想看英文題目： 英國生物銀行基因結構的性別差異
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 27.603; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41588-021-00912-0
文獻題目： A single-cell and spatially resolved atlas of human breast cancers
不想看英文題目： 人類乳腺癌的單細胞和空間分辨圖譜
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 27.603; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41588-021-00911-1
文獻題目： Genomic and phenotypic insights from an atlas of genetic effects on DNA methylation
不想看英文題目： 從影響 DNA 甲基化的遺傳圖譜中獲得基因組和表型見解
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 27.603; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41588-021-00923-x
文獻題目： A compendium of uniformly processed human gene expression and splicing quantitative trait loci
不想看英文題目： eQTL Catalog：人類基因表達和剪接數量性狀基因座資源庫
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 27.603; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41588-021-00924-w
文獻題目： A functional genomics pipeline identifies pleiotropy and cross-tissue effects within obesity-associated GWAS loci
不想看英文題目： 功能基因組學管道分析發現肥胖相關 GWAS 基因座的基因多效性和跨組織效應
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-25614-3
文獻題目： Different historical generation intervals in human populations inferred from Neanderthal fragment lengths and mutation signatures
不想看英文題目： 從尼安德特人碎片長度和突變特征推測人類群體不同歷史的世代間隔
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-25524-4
四、工具或資源類介紹
文獻題目： PUMAS: fine-tuning polygenic risk scores with GWAS summary statistics
不想看英文題目： PUMAS：使用 GWAS 匯總統計數據微調多基因風險評分
雜志和影響因子： Genome Biol (IF: 10.806; Q1)
文章鏈接：
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-021-02479-9
文獻題目： SUPERGNOVA: local genetic correlation analysis reveals heterogeneous etiologic sharing of complex traits
不想看英文題目： SUPERGNOVA：局部遺傳相關性分析揭示復雜性狀的遺傳共享
雜志和影響因子： Genome Biol (IF: 10.806; Q1)
文章鏈接：
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-021-02478-w
文獻題目： MR-Corr2: a two-sample Mendelian randomization method that accounts for correlated horizontal pleiotropy using correlated instrumental variants
不想看英文題目： MR-Corr2：一種可校正水平基因多效性的兩樣本孟德爾隨機化方法
雜志和影響因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章鏈接：
致謝橙子牛奶糖（陳文燕），請用參考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX
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