本周最新文獻速遞20210822

本文轉載自查看原文 2021-08-22 23:49 91 每周文獻

本周最新文獻速遞20210822

一、精細解讀文獻一

文獻題目： Multi-omics integration analysis identifies novel genes for alcoholism with potential overlap with neurodegenerative diseases

不想看英文題目： 多組學分析鑒定與神經退行性疾病重疊的酗酒新基因

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)

研究意義： 全基因組關聯研究 (GWAS) 發現了多個酒精使用障礙 (AUD) 和每周飲酒 (DPW)風險位點，但很少有研究調查二者重合的遺傳位點，以及重合遺傳位點的生物學功能。

結論：

總共有 360 個 SNPs 是 AUD 和 DPW 共有的（即 GWAS 中 p < 5 × 10^-8）；
使用多組織染色質（ROADMAP 和 ENTEX）數據對 AUD 和 DPW 進行 LDSC 分析，發現啟動子特異性表觀遺傳標記（H3K4me1/me3）在胎兒和成人大腦中顯着富集；

整合成人和胎兒大腦 eQTL/mQTL 數據以及 GWAS 匯總數據進行 SMR 分析，對於 AUD，在 18 個基因座發現了 21 個顯著的基因 (P_eQTL = 5 × 10^-8; P-SMR FDR < 20%; Heidi >0.05); 對於 DPW，在 31 個基因座發現了 61 個顯著的基因(P-SMR FDR < 20%; Heidi >0.05; GWAS P < 5 × 10^-5; eQTL/mQTL P < 5 × 10^-8)；其中基因座 17q.21.31 同時與 AUD (MAP3K14) 和 DPW (MAPT, CRHR1, 和 LRRC37A) 共定位、基因座 11p11.2 上的 mQTL (SPI1) 和 eQTL (NUP160) 同時與 AUD 和 DPW 共定位；

對 17q.21.31 進行精細映射，發現共定位的 mQTL（rs3785884 和 rs17651887）與少突膠質細胞中的染色質互作區域重疊，並且在MAPT啟動子處形成環。此外，差異表達分析進一步證明 MAPT 的 mRNA 表達與飲酒量增加有關，說明 MAPT 可能是 17q.21.31 基因座上與飲酒增加相關的因果基因；

對 11p11.2 進行精細映射，發現 rs56030824 與 SPI1 的啟動子標記（H3K27ac、H3K4me3）重疊，此外，在 CD14+ 單核細胞中，rs56030824 為 SPI1 的 eQTL 位點。結合前面發現的共定位結果，說明 rs56030824 和 SPI1 為 AUD 和 DPW 潛在的因果變異位點和基因；

局限：

這篇文章的題目是多組學分析鑒定與神經退行性疾病重疊的酗酒新基因，我以為主題是酗酒和神經退行性疾病。看完全文才發現，只是在文章的討論處粗略說了一下 AUD 的新基因 SPI1 也與阿爾茨海默病（神經退行性疾病）相關。怎么說呢，既然題目提到了神經退行性疾病，那么result部分應該把酗酒表型和神經退行性疾病的Shared genetic architecture工作也加上去。不過從另一方面來說，這對我們或許是一個啟發：對於找到的表型新基因，如何去升華結果呢？可參考這篇文章的思路，把新基因和其他疾病表型進行phewas分析，找到具有臨床意義的結果，升華一下主題。

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-021-25392-y

公開的資料：

AUD meta-analysis summary statistics: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.15054198.v1
SMR Input BESD files for brain meta-analysis: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.15054183.v1
Code：https://github.com/kapoormanav/alc_multiomics
Shiny web app： https://lcad.shinyapps.io/alc_multiomics/

二、精細解讀文獻二

文獻題目： Single-cell sequencing of immune cells from anticitrullinated peptide antibody positive and negative rheumatoid arthritis

不想看英文題目： 抗環瓜氨酸肽抗體陽性和陰性類風濕關節炎免疫細胞的單細胞測序

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)

研究意義： 類風濕性關節炎 (RA) 是一種異質性疾病，表現為三分之二的患者存在抗瓜氨酸肽抗體 (ACPA)，研究發現抗環瓜氨酸肽抗體陽性(ACPA+) 和陰性（ACPA-）患者之間在遺傳上存在差異。然而，尚不清楚這兩種亞型之間的免疫發病機制。

結論：

從健康對照 (n = 4) 收集 CD45 +外周血單核細胞 (PBMC)、從 ACPA+ (n = 10) 和 ACPA- (n = 10)患者中收集滑膜組織單核細胞(STMCs)和 CD45 +外周血單核細胞 (PBMC)；對 PBMC 和 STMC 進行 scRNA-seq ，分別得到 135,429 和 71,073 個免疫細胞；在 PBMC 中識別出 25 個簇，其中有三個主要簇：B 細胞、T/自然殺傷 (NK) 細胞和骨髓細胞（單核細胞和樹突細胞）；

為了表征 ACPA+ 和 ACPA- 這兩種亞型的炎症細胞特性，作者對來自 PBMC 和 STMC 的細胞亞群比例進行探索，發現不論是 PBMC 還是 STMC， ACPA- 亞型在 B 細胞亞群的 HLA-DRB5 表達均顯著低於 ACPA+ 亞型；

使用 Monocle 進行偽時間重建和發育軌跡推斷，推測健康個體從原始 B 細胞 → HLA-DRB5 +血漿 B 細胞 → 漿細胞或從 Mem-unsw B → Mem-sw B；類風濕關節炎患者則從原始 B 細胞 → IGHG4 +血漿 B 細胞；

對 STMC 的細胞亞群進行分析，發現了 8 種樹突狀細胞亞群（DC），但 ACPA- 和 ACPA+ 在這8種 DC 細胞亞群比例沒有顯著差異，值得注意的是， ACPA- 患者的 CCL13、CCL18 和 MMP3 在 DC 細胞中高表達，尤其是 DC 細胞中的 CCL⁺DC 細胞亞群；

基於典型標志物表達，在 PBMC 中鑒定了八個單核細胞簇，但是它們並沒有在 ACPA- 中明顯富集；同樣基於典型標志物表達，在 STMC 中鑒定了 11 種巨噬細胞亞群，其中 HLA-DRB5^-CCL⁺ 巨噬細胞和 IL18⁺ CCL⁺ 巨噬細胞在 ACPA- 中顯著富集，此外，IL1B 基因在 ACPA- 的11種巨噬細胞亞群中幾乎表達上調，而TGFB1基因幾乎不表達；

對 PBMC 的 T/NK 細胞進行分群，鑒定了 13 個細胞亞型，發現 ACPA+ 的幼稚 CD8 T 細胞比例減少，但 CD8 T 毒性細胞增加。另外，S100A8^hiGZMB⁺Teff 細胞在類風濕關節炎患者中有更高的比例；

對 STMC 的 T/NK 細胞進行分群，鑒定了八種細胞亞型。比起 ACPA+ ， ACPA- 的 NK 細胞和耗盡的 CD4 T 細胞的比例較低。細胞毒性特征基因（GZMB、NKG7和PFN1）在 ACPA- 的表達也顯着降低，說明 ACPA- 患者的細胞毒性特征降低；

利用 CellPhoneDB 研究類風濕關節炎患者中巨噬細胞亞群、DC 和 CD4 T 細胞之間的相互作用，發現與 CCL⁺IL18⁺相比， HLA-DRB5^-CCL⁺ 和 HLA-DRB5^hiCD36⁺ 與 T/NK 亞群有更強的相互作用；

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-021-25246-7

公開的資料：

Sequence data：數據存儲於Genome Sequence Archive in BIG Data Center, Beijing Institute of Genomics (BIG), Chinese Academy of Sciences，登記號為 HRA000155；
代碼：https://github.com/yeee904/RA_scRNA

三、其他文獻推薦

下面的文獻也挺精彩的，但由於下不到原文，或博主時間有限，沒法精細解讀，故列出來供各位參閱；
當然，你們有精彩的文獻想讓我解讀的（前提是一周內剛出爐的文獻），可給我發pdf（然而可能種種原因，我不一定有時間解讀，不要對我抱太高期待）；

文獻題目： Single-cell evaluation reveals shifts in the tumor-immune niches that shape and maintain aggressive lesions in the breast

不想看英文題目： 單細胞評估揭示了塑造和維持乳腺侵襲性病變的腫瘤免疫位點的變化

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-021-25240-z

文獻題目： The regulatory impact of RNA-binding proteins on microRNA targeting

不想看英文題目： RNA結合蛋白對微小RNA靶向調控影響

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-021-25078-5

文獻題目： Large-scale and high-resolution mass spectrometry-based proteomics profiling defines molecular subtypes of esophageal cancer for therapeutic targeting

不想看英文題目： 基於大規模和高分辨率質譜的蛋白質組學定義了用於靶向治療的食管癌的分子亞型

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-021-25202-5

文獻題目： The whale shark genome reveals patterns of vertebrate gene family evolution

不想看英文題目： 鯨鯊基因組揭示脊椎動物基因家族進化模式

雜志和影響因子： Elife (IF: 7.08; Q1)

文章鏈接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34409936/