本周最新文獻速遞20210725

本文轉載自查看原文 2021-07-25 22:45 219 每周文獻

本周最新文獻速遞20210725

文獻題目： Distinction between the effects of parental and fetal genomes on fetal growth

不想看英文題目： 親本和胎兒基因組對胎兒生長影響的迥異

雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 27.603; Q1)

研究意義： 出生體重是衡量胎兒發育的常用指標，其受胎兒基因組的直接影響和母體基因組的間接影響，可通過全基因組關聯分析研究 (GWAS)闡明胎兒基因組和母體基因組對體重的遺傳效應。

結論：

在兒童基因組中發現 156 個影響出生體重的基因座以及43 個次級信號（采用近似條件聯合分析），在母本基因組中發現了 64 個影響后代出生體重的基因座以及14 個次級信號，在父本基因組中發現了 6 個影響后代出生體重的變異；
另外有 10 個變異位點與出生體長相關、7 個變異位點與 BMI 相關；
為了解析兒童基因組和親本基因組各自對出生體重影響的迥異，對影響出生體重的所有變異進行分類，發現 66 個為影響出生體重的兒童基因組特異性位點，9 個為影響后代出生體重的父本基因組特異性位點，13 個為影響后代出生體重的母本基因組特異性位點；

影響兒童生長的父母本基因組特異性位點同時與三種血糖特征（HbA1c、空腹血糖、T2D）相關，其中包括典型的基因組印記基因 GLIS3，該基因主要在胎盤中表達，通過母本基因組傳遞；
之前文獻報道成人特征與兒童生長表型（出生體重、出生身長和胎齡）相關，為了表征這種相關性是否具有因果關系，作者對成人特征與兒童生長表型進行多基因分險評分（PRS），發現僅基於母體基因組的血糖特征（HbA1c、空腹血糖、T2D） PRS 與出生體重和身長正相關，基於兒童基因組則呈負相關；
基於兒童基因組的 SBP 和高血壓的 PRS 與出生體重和身長呈負相關；

亮點：

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41588-021-00896-x

公開的資料：

文獻題目： Quantifying the contribution of Neanderthal introgression to the heritability of complex traits

不想看英文題目： 尼安德特人基因滲入對復雜性狀遺傳度的貢獻

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)

研究意義： 歐亞人混有 2% 的尼安德特人（尼人）血統，但尼安德特人基因滲入對現代人類疾病的影響仍然不是很清楚。為此，作者量化了尼人滲入位點對 400 多個性狀的遺傳貢獻。

結論：

使用 Sprime 算法識別現代人類的尼人滲入區域，並用 S-LDSC 進行分區遺傳度分析，發現除了曬傷、膚色和曬黑表型，尼人滲入區域相關的表型大多數表現為遺傳度耗竭；
與尼人滲入的位點相比，阿爾泰匹配的滲入位點（代表更為古老的變異位點）在大多數表型上表現為遺傳度富集，說明古老位點貢獻更多的遺傳度；
對 405 個性狀進行分區遺傳度分析，發現尼人滲入區域顯著富集在皮膚相關表型，而認知相關表型的遺傳度則顯著耗竭；
根據位點的作用方向對滲入位點進行分類，發現尼人滲入位點與脫發（q = 0.01）、更早的更年期（q = 0.04）、更大的肺容量（FVC，q = 0.03）和早起（q = 0.03）相關，且尼人滲入位點對厭食症 ( r f = -0.93%, q = 4 × 10 -5 ) 和精神分裂症 ( r f = -0.27%, q = 0.01）具有保護作用；
利用 SLDP 回歸發現了更多潛在影響表型的尼人滲入區域，比如基因組區域（chr9：16641651−16787775，r = +0.83）與曬傷風險具有顯著的正相關性，NMUR2附近的基因組區域（chr5：151745423−151931514）與早起傾向正相關，基因組區域（chr7：50649920-50739129，r = -0.84）與自身免疫性疾病負相關；

亮點：