報錯：RSEM can not recognize reference sequence name chr1!（基因組的bam不能直接用rsem進行表達值計算）

今天使用單端測序的 bam 文件進行表達值calling，命令如下所示：

rsem-calculate-expression \
                        --alignments \
                        -p 8 \
                        file.sorted.bam \
                        /reference/rsem_ref/GRCh37/GRCh37 \
                        file

報錯內容為：The SAM/BAM file declares less reference sequences (25) than RSEM knows (196520)! RSEM can not recognize reference sequence name chr1! -tag XM" failed! Plase check if you provide correct parameters/options for the pipeline!

檢查以后才知道，雖然都叫bam，但是RSEM進行表達值calling的bam文件是比對到轉錄組的bam（transcriptome alignments），而非比對到基因組的bam（genomic alignments）。所以如果是比對到基因組的bam是不能用rsem直接計算表達值的，得轉為fq再進行表達值計算。