仍然是兩年前的筆記 1. prepare-reference 如果用RSEM對比對后的bam進行轉錄本定量，則在比對過程中要確保比對用到的索引是由rsem-prepare-reference產生的。 可以看到，單純用bowtie2建的索引和rsem調用bowtie2建的索引 ...

最近在研究轉錄本，現在在下載數據，想起來自己有一個博客，就暫且來這里更新一下內容。 要想對轉錄本進行定量，首先需要下載它的轉錄組數據，將別人上傳的SRR文件的名字整理在wheat.txt中，引用 下載后通過sratoolkits將sra數據轉化成fq格式 --split-3將sra ...

首先在這里先感謝我們【Bio生信學習交流群】的群友和創建此群的群主【陳博士后】。 今天解決的問題是怎么查看自己的基因組數據是哪個Genome Reference Versions。 步驟： 第一步，打開你的基因組數據bim文件（Plink格式），隨便找一個 ...

基因組里的小寫字母的序列就是soft masking，也就是被標記的重復序列。 怎么把重復序列提取出來，保存為bed文件？ 參考：Uppercase vs lowercase letters in reference genome ...

在開發基因組相關流程或工具時，經常需要讀取、處理和創建bam、vcf、bcf文件。目前已經有一些主流的處理此類格式文件的工具，如samtools、picard、vcftools、bcftools，但此類工具集成的大多是標准功能，在編程時如果直接調用的話往往顯得不夠靈活。 本文介紹的是一個處理 ...

基因組注釋主要包括四個研究方向：重復序列的識別；非編碼RNA的預測；基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義：重復序列可分為串聯重復序列（Tendam repeat）和散在重復序列 ...

參考基因組版本命名參考基因組聯盟（Genome Reference Consortium），它是由 NCBI，EBI，桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配，糾正，增加基因組序列，以此作為在生信分析領域作為參考的基因組。人基因組官名叫 GRCh38 （Genome ...

對初步組裝進行polish 以FASTA和BAM文件作為輸入，根據比對結果對輸入的參考基因組進行提高，包括 單鹼基差異 小的插入缺失(indels) 較大的插入缺失或者block替換 填充參考序列中的N 找到局部的錯誤組裝 最后輸出polish后的FASTA ...