shannon菌群多樣性指數
H=－∑（Pi）（㏑Pi）
Pi=樣品中屬於第i種的個體的比例，如樣品總個體數為N，第i種個體數為ni，則Pi=ni/N；
各種之間，個體分配越均勻，H值就越大。如果每一個體都屬於不同的種，多樣性指數就最大；如果每一個體都屬於同一種，則其多樣性指數就最小
Dominance：隨即取兩條序列，來自同一個樣品的概率Σ (Si(Si-1))/N(N-1)；
simpson 菌群多樣性指數
隨機取樣的兩個個體屬於不同種的概率=1-隨機取樣的兩個個體屬於同種的概率；越均勻，值越大
PD_whole_tree：譜系多樣性：
譜系alpha多樣性（phylogenetic diversity,Faith 1992）:探討進化歷史的保存，應用於種群，群落，生物地理學，保護生物學。
譜系beta多樣性（phylobetadiversity,Webb 2002）:探討群落或的確的譜系距離及其成因。
譜系信號與譜系結構（phylogenetic signal and phylogenetic structure）:探討群落和地區物種共存機制。
譜系多樣性（phylogenetic diversity PD），某個地點所有物種間最短進化分支長度之和占各節點分支長度綜合的比例（Faith,1992）
群落譜系距離（phylogenetic distance）:群落I與群落II中種倆倆之間譜系分支長度之和的平均值（Webb,2002）
chao1 菌種豐富度指數
Schao1=Sobs+n1(n1-1)/2(n2+1),其中Schao1為估計的OUT數，Sobs為觀測到的OTU數，n1為只有一天序列的OUT數目，n2為只有兩天序列的OUT數目。
observed_species Otu的個數
goods_coverage 測序深度指數
測序深度：C=1-n1/N,n1為只有含一條序列的OTU數目，N為抽樣中出現的總的序列數目。
使用Qiime計算
16s構建進化樹：
align_seq.py: http://qiime.org/scripts/align_seqs.html
align_seqs.py -i $PWD/unaligned.fna -t $PWD/core_set_aligned.fasta.imputed -o $PWD/pynast_aligned_defaults/
filter_alignment.py: http://qiime.org/scripts/filter_alignment.html
filter_alignment.py -i seqs_rep_set_aligned.fasta -m lanemask_in_1s_and_0s -o filtered_alignment/
make_phylogeny.py：http://qiime.org/scripts/make_phylogeny.html
make_phylogeny.py -i $PWD/aligned.fasta -o $PWD/rep_phylo.tre
計算alpha稀釋曲線：
alpha_rarefaction.py
http://qiime.org/scripts/alpha_rarefaction.html
alpha_rarefaction.py -i otu_table.biom -o arare_max100/ -t rep_set.tre -m Fasting_Map.txt -e 100
-e指深度，和beta多樣性中的-e參數一樣
--metrics shannon,PD_whole_tree,chao1,observed_species,goods_coverage,simpson
指定需要計算的類型