原文:alpha rarefaction using qiime

shannon菌群多樣性指數 H Pi Pi Pi 樣品中屬於第i種的個體的比例,如樣品總個體數為N,第i種個體數為ni,則Pi ni N 各種之間,個體分配越均勻,H值就越大。如果每一個體都屬於不同的種,多樣性指數就最大 如果每一個體都屬於同一種,則其多樣性指數就最小 Dominance:隨即取兩條序列,來自同一個樣品的概率 Si Si N N simpson 菌群多樣性指數 隨機取樣的兩個個體 ...

2014-10-17 10:57 0 2950 推薦指數:

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ITS簡要分析流程(using Qiime)

Qiime安裝 參考資料:http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940101h2rp.html Qiime script官方說明http://qiime.org/scripts/index.html 一般ITS數據簡要分析過程 reference下載 ...

Fri Sep 26 19:21:00 CST 2014 0 5175
QIIME1 聚OTU

qiime 本身不提供聚類的算法,它只是對其他聚otu軟件的封裝 根據聚類軟件的算法,分成了3個方向: de novo: pick_de_novo_otus.py closed-reference ...

Wed Jul 19 20:47:00 CST 2017 0 1261
Docker方式安裝QIIME 2

# 下載最新版QIIME 2 docker pull qiime2/core:2017.7 # 測試是否安裝成功 docker run -t -i -v $(pwd):/mnt/hgfs/2017 qiime2/core:2017.7 ...

Sun Aug 20 14:56:00 CST 2017 0 1132
QIIME2使用方法

1、數據准備 現在我們常用的就是這種格式的數據,每個樣品一對數據文件 數據來源:https://docs.qiime2.org/2019.7/tutorials/importing/ 2、將數據轉換為qza格式(qiime新定義的自己的格式類型,有點編程中對象的含義 ...

Mon Jun 17 06:53:00 CST 2019 0 2728
Alpha混合(一)Vertex Alpha

Vertex alpha Alpha混合通常是為了實現透明效果,透明效果的程度通過alpha值來控制,對於一個8bit的alpha chanel,可以產生0-255級透明效果,0表示完全透明,255表示完全不透明,在D3D中alpha值的來源主要有三種 頂點 材質 紋理 ...

Thu Aug 23 17:14:00 CST 2012 3 3542
Alpha 混合(三)Texture alpha

Texture alpha 前兩篇分別學習了Vertex alpha和Material alpha,今天來研究一下Texture alpha,所謂Texture alpha就是使用Texture的alpha通道進行混合,這需要texture包含alpha通道。所以首先要為texture添加 ...

Fri Aug 31 17:05:00 CST 2012 0 3879
什么是Alpha通道?

圖像處理(Alpha通道,RGB,...)祁連山(Adobe 系列教程)****的UI課程 一個也許很傻的問題,在圖像處理中alpha到底是什么? Alpha通道是計算機圖形學中的術語,指的是特別的通道,意思是“非彩色”通道,主要是用來保存選區和編輯選區。 為什么用‘Alpha’代表 ...

Mon May 09 19:14:00 CST 2016 0 24267
 
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