Docker方式安裝QIIME 2

# 下載最新版QIIME 2

docker pull qiime2/core:2017.7

# 測試是否安裝成功

docker run -t -i -v $(pwd):/mnt/hgfs/2017 qiime2/core:2017.7 qiime

# 啟動docker命令行，掛載目錄至/mnt/hgfs/2017目錄，退出自動移除

docker run --rm -v $(pwd):/mnt/hgfs/2017 --name=qiime -it qiime2/core:2017.7

這就相當於打開了一個軟件工作環境，目錄/mnt/hgfs/2017為當前工作目錄，可方便分析數據

 

刪除鏡像

先刪除由這個鏡像啟動的容器

docker rm eef3648a6e77

eef3648a6e77是容器id

刪除鏡像

docker rmi 195eb90b5349

195eb90b5349是鏡像id

 

啟動QIIME 2運行環境

 我們每次在分析數據前，需要打開工作環境

# 創建工作目錄並進入

mkdir -p qiime2
cd qiime2

# 如果是docker安裝方式的請運行如下命令

docker run --rm -v $(pwd):/mnt/hgfs/2017 --name=qiime -it qiime2/core:2017.7