# 激活工作環境 source activate qiime2-2017.8 # 建立工作目錄 mkdir -p qiime2-importing-tutorial cd qiime2-importing-tutorial
導入帶質量值的測序數據
地球微生物組標准混樣單端數據 “EMP protocol” multiplexed single-end fastq
此類數據標准包括兩個文件，擴展名均為fastq.gz，一個是barcode文件，一個是樣品混樣測序文件。
# 建樣品目錄 mkdir -p emp-single-end-sequences # 下載 barcode文件 wget -O emp-single-end-sequences/barcodes.fastq.gz https://data.qiime2.org/2017.8/tutorials/moving-pictures/emp-single-end-sequences/barcodes.fastq.gz # 下載序列文件 wget -O emp-single-end-sequences/sequences.fastq.gz https://data.qiime2.org/2017.8/tutorials/moving-pictures/emp-single-end-sequences/sequences.fastq.gz # 導入QIIME2格式 qiime tools import \ --type EMPSingleEndSequences \ --input-path emp-single-end-sequences \ --output-path emp-single-end-sequences.qza
地球微生物組標准混樣雙端數據 “EMP protocol” multiplexed paired-end fastq
此類數據標准包括三個文件，擴展名均為fastq.gz，一個是barcode文件，兩個是樣品混樣測序文件。
# 建樣品目錄 mkdir -p emp-paired-end-sequences # 下載序列正向和反向文件 wget -O emp-paired-end-sequences/forward.fastq.gz https://data.qiime2.org/2017.8/tutorials/atacama-soils/1p/forward.fastq.gz wget -O "emp-paired-end-sequences/reverse.fastq.gz https://data.qiime2.org/2017.8/tutorials/atacama-soils/1p/reverse.fastq.gz # 下載barcode文件 wget -O emp-paired-end-sequences/barcodes.fastq.gz https://data.qiime2.org/2017.8/tutorials/atacama-soils/1p/barcodes.fastq.gz # 導入QIIME2格式 qiime tools import \ --type EMPPairedEndSequences \ --input-path emp-paired-end-sequences \ --output-path emp-paired-end-sequences.qza
樣品文件清單格式 “Fastq manifest” formats
# 下載fastq壓縮包zip文件，其中的樣品文件和清單文件mainfest wget -O se-33.zip https://data.qiime2.org/2017.8/tutorials/importing/se-33.zip wget -O se-33-manifest https://data.qiime2.org/2017.8/tutorials/importing/se-33-manifest wget -O pe-64.zip https://data.qiime2.org/2017.8/tutorials/importing/pe-64.zip wget -O pe-64-manifest https://data.qiime2.org/2017.8/tutorials/importing/pe-64-manifest # 解壓fastq樣品文件 unzip -q se-33.zip unzip -q pe-64.zip
樣品清單是包括樣品名、文件位置、文件方向三列的csv文件，以pe-64-manifest為例，內容如下：
# 樣品名、文件位置、文件 sample-id,absolute-filepath,direction sample1,$PWD/pe-64/s1-phred64-r1.fastq.gz,forward sample1,$PWD/pe-64/s1-phred64-r2.fastq.gz,reverse sample2,$PWD/pe-64/s2-phred64-r1.fastq.gz,forward sample2,$PWD/pe-64/s2-phred64-r2.fastq.gz,reverse
導入質量值不同編碼的兩類文件Phred33/64 (一般
Phred33比較常見，只有非常老的數據才有Phred64格式)
# 導入Phred33格式測序結果 qiime tools import \ --type 'SampleData[SequencesWithQuality]' \ --input-path se-33-manifest \ --output-path single-end-demux.qza \ --source-format SingleEndFastqManifestPhred33 # 導入Phred64格式測序結果 qiime tools import \ --type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \ --input-path pe-64-manifest \ --output-path paired-end-demux.qza \ --source-format PairedEndFastqManifestPhred64
導入OTU表Biom文件
BIOM v1.0.0
# 下載數據並導入為QIIME2的qza格式 wget -O feature-table-v100.biom https://data.qiime2.org/2017.8/tutorials/importing/feature-table-v100.biom qiime tools import \ --input-path feature-table-v100.biom \ --type 'FeatureTable[Frequency]' \ --source-format BIOMV100Format \ --output-path feature-table-1.qza
BIOM v2.1.0
wget -O feature-table-v210.biom https://data.qiime2.org/2017.7/tutorials/importing/feature-table-v210.biom qiime tools import \ --input-path feature-table-v210.biom \ --type 'FeatureTable[Frequency]' \ --source-format BIOMV210Format \ --output-path feature-table-2.qza
代表性序列 Per-feature unaligned sequence data
wget -O sequences.fna https://data.qiime2.org/2017.8/tutorials/importing/sequences.fna qiime tools import \ --input-path sequences.fna \ --output-path sequences.qza \ --type 'FeatureData[Sequence]'
多序列比對后的代表性序列導入(多序列比對后的序列中包括減號，表示比對的gap) Per-feature unaligned sequence data
wget -O aligned-sequences.fna https://data.qiime2.org/2017.8/tutorials/importing/aligned-sequences.fna qiime tools import \ --input-path aligned-sequences.fna \ --output-path aligned-sequences.qza \ --type 'FeatureData[AlignedSequence]'
無根進化樹導入 Phylogenetic trees (unrooted)
wget -O unrooted-tree.tre https://data.qiime2.org/2017.8/tutorials/importing/unrooted-tree.tre qiime tools import \ --input-path unrooted-tree.tre \ --output-path unrooted-tree.qza \ --type 'Phylogeny[Unrooted]'