原文:擴增子分析QIIME2-2數據導入Importing data

激活工作環境 source activate qiime . 建立工作目錄 mkdir p qiime importing tutorial cd qiime importing tutorial 導入帶質量值的測序數據 地球微生物組標准混樣單端數據 EMP protocol multiplexed single end fastq 此類數據標准包括兩個文件,擴展名均為fastq.gz,一個是b ...

2017-09-15 14:16 0 2769 推薦指數:

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擴增子分析QIIME2-1簡介和安裝

QIIME2是微生物組分析流程QIIME(截止17.7.13被引7771次)的全新版(不是升級版),采用python3全新編寫,並於2018年1月全面接檔QIIME,是代表末來的分析方法標准(大牛們制定方法標准,我們跟着用就好了)。 安裝 安裝方法比較簡單,參照官網:https ...

Fri Sep 15 16:51:00 CST 2017 0 1450
擴增子分析QIIME2-4分析實戰Moving Pictures

本示例的的數據來自文章《Moving pictures of the human microbiome》,Genome Biology 2011,取樣來自兩個人身體四個部位五個時間點 進入環境 source activate qiime 2-2017.8 ...

Wed Aug 02 05:43:00 CST 2017 0 1915
擴增子分析解讀5物種注釋 OTU表操作

本節課程,需要先完成《擴增子分析解讀》系列之前的操作 1質控 實驗設計 雙端序列合並 2提取barcode 質控及樣品拆分 切除擴增引物 3格式轉換 去冗余 聚類 4去嵌合體 非細菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准備 ...

Thu Aug 24 05:31:00 CST 2017 0 2740
擴增子分析解讀2提取barcode 質控及樣品拆分 切除擴增引物

本節課程,需要完成 擴增子分析解讀1質控 實驗設計 雙端序列合並 先看一下擴增子分析的整體流程,從下向上逐層分析 分析前准備 # 進入工作目錄 cd example_PE250 上一節回顧:我們拿到了雙端數據,進行了質控、並對實驗設計 ...

Mon Aug 21 14:27:00 CST 2017 0 1798
擴增子分析解讀3格式轉換 去冗余 聚類

本節課程,需要完成擴增子分析解讀1質控 實驗設計 雙端序列合並和2提取barcode 質控及樣品拆分 切除擴增引物 先看一下擴增子分析的整體流程,從下向上逐層分析 分析前准備 # 進入工作目錄 cd example_PE250 上一節回顧:我們提取 ...

Tue Aug 22 03:35:00 CST 2017 0 1203
擴增子分析解讀1質控 實驗設計 雙端序列合並

本文采用目前最主流的擴增子測序數據類型HiSeq2500 PE250類型數據為例,結合目前主流方法QIIME+USearch定制的分析流程。本課程中所需的測序數據、實驗設計和課程分析生成的中間文件,均可以直去百度雲下載。鏈接:http://pan.baidu.com/s/1hs1PXcw 密碼 ...

Mon Aug 21 12:21:00 CST 2017 0 2299
擴增子圖片解讀7三元圖

三元圖/三元相圖 Ternary Plot 三元圖有6種英文叫法,其中ternary plot最為常用。三元圖是重心圖的一種,它有三個變量,但需要三者總和為恆定值。在一個 ...

Thu Aug 03 08:11:00 CST 2017 0 3622
 
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