如何利用HMMER鉴定基因家族成员
通常我们用的都是通过blast比对来确定我们需要的家族成员，首先是比对序列，再次是需要目标物种的蛋白序列，来进行比对，通常比对的时候我们都需要设定e-value值。今天我们来学习一下利用HMMER来鉴定基因家族成员。 1 、利用软件HMMER进行模型搜索，软件官网：http ...
原文：基因家族成员鉴定
就基因家族工作做一简单介绍 基本思路 数据准备 确定好研究的基因家族后 比如：NBS，MADS box etc. ，下面就可以下载相关数据。 所研究物种的基因组序列 genome.fa 所研究物种蛋白序列 pep.fa 所研究物种gff文件 目标基因家族的隐马科夫模型 or RefSeq 对应基因家族的蛋白序列 对应基因组信息可根据发表文章中提供的路径进行下载即可 对于隐马科夫模型可以从Pfam ...
2021-01-31 13:53 0 760 推荐指数：
相关推荐
5、预测和鉴定miRNA的靶基因
转载：http://www.oebiotech.com/Article/mirnabjyyc.html http://www.ebiotrade.com/newsf/20 ...
Hadoop家族成员概述
Hadoop家族成员概述 一、Hadoop简介 1.1 什么是Hadoop？ Hadoop是一个分布式系统基础架构，由Apache基金会所开发，目前Yahoo！是其最重要的贡献者。 Hadoop实现了一个分布式文件系统（Hadoop Distributed File System ...
基因家族分析之同源基因的寻找
Blast进行同源基因的寻找 参考博客： http://boyun.sh.cn/bio/?p=1849 https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/673/ 基于蛋白的比对结果，寻找某一个蛋白家族的同源基因，使用如下的参数 ...
Assemblytics鉴定基因组间SV
Assemblytics， 发表在Bioinformaticshttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27318204，鉴定基因组间SV。 Githup，https://github.com/marianattestad/assemblytics ...
Spring家族主流成员介绍
摘 要：Spring 就像一个大家族，有众多衍生产品例如 Boot，Security，JPA等等。但他们的基础都是Spring 的 IOC 和 AOP，IOC提供了依赖注入的容器，而AOP解决了面向切面的编程，然后在此两者的基础上实现了其他衍生产品的高级功能；Spring MVC ...
spring-boot-starter家族成员简介
以下应用程序starters是Spring Boot在org.springframework.boot组下提供的： 名称 描述 spri ...
ARM版本系列及家族成员梳理
ARM公司简介 ARM是Advanced RISC Machines的缩写，它是一家微处理器行业的知名企业，该企业设计了大量高性能、廉价、耗能低的RISC （精简指令集）处理器。 1985年第一个A ...