KEGG PATHWAY Database KEGG PATHWAY 数据库是一个手工画的代谢通路的集合,包含以下几方面的分子间相互作用和反应网络: 1.新陈代谢 2.遗传信息加工 3.环境信息加工 4.细胞过程 5.生物体系统 6.人类 ...
转载于Original liuhui 生信百科 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号。通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号。通过KEGG数据库的注释极大的方便我们进行生物学通路的研究,可以直接查看物种某条生物学通路上基因的存在情况。 最简单的方法是看公司给的KEGG注释或者直接下载本物种每个基因的注释结果 比如,植物Phytozome 动植物E ...
2017-07-16 15:15 0 2419 推荐指数:
KEGG PATHWAY Database KEGG PATHWAY 数据库是一个手工画的代谢通路的集合,包含以下几方面的分子间相互作用和反应网络: 1.新陈代谢 2.遗传信息加工 3.环境信息加工 4.细胞过程 5.生物体系统 6.人类 ...
KEGG mapper: 输入:cufdiff生成的差异基因列表(log2fold_change的绝对值>1, pvalue<0.01) 目的:在KEGG网站中,利用KEGG mapper工具进行pathway注释。 过程: 1. ID转换:将gene symbol转换 ...
KEGG 官网提供了API, 可以方便的访问KEGG 数据库中的内容,链接如下: http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html 利用API可以得到某一个基因参与的pathway 信息, 以human 为例; 1) 第一步,获取每条pathway具体的描述 ...
clusterProfiler没有显性的接口,但是可以直接扣取clusterProfiler里的函数。 核心函数就是get_GO_data GO_DATA <- get_GO_data ...
在 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号。通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号。 截止到 2015 年 6 月 12 日,KEGG 数据库中共收录了 3,904 个完整的基因组。其中 304 个为真核生物,3,600 个为原核生物。在真 ...
对于pathway 数据库而言,我们最常见的就是利用KEGG 富集分析挖掘其中的信息,得到显著富集的几条通路; 对于代谢通路而言,不同的通路之间是会有相互关系的,比如在上游的通路中产生的代谢产物,进入下游的通路继续发挥作用。 pathway和pathway 之间存在一个上下游的关系,所有 ...
参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥 &【学习笔记】KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis ...
我们是在验证时才使用注释,这种拿不准确数据来验证新的数据的方法确实值得思考。 那么GO和KEGG常见注 ...