DAVID 进行 GO/KEGG 功能富集分析
何为功能富集分析？ 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分，即将一堆基因进行分类，而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说，就是把一个基因列表中，具有相似功能的基因放到一起，并和 ...
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STRING Cytoscape 网络互作图
网络图（Network）看似复杂，其实构成非常简单，网络图是一种图解模型，形状如同网络，故称网络图，由节点（node）和连线（edge）两个因素组成的。其中 node 又分为 source node（ ...
KEGG 数据库本地化（enrichKEGG）
在使用clusterProfiler时，KEGG注释包，可以自定义。毕竟许多物种的数据库是不完善的。现在就自定义一个KEGG.db的包，用于KEGG注释。 第一步，先去上述官方地址找到自己研究的物种 ...
TCGA简易下载工具 SangerBox
下载地址：http://sangerbox.com/ https://shengxin.ren/article/208 Understanding TCGA mRNA ...
Circos图
Circos官网 http://circos.ca 在线绘图工具 http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/ Circos图的诞生 Cir ...
R 语言解压目录下的所有gz文件
setwd("GSE29431_RAW") # 进入目录 fileNames <- list.files() # 获取目录下的所有文件sapply(fileNames, gunzip) ...
GEOquery
GEOquery 是 bioconductor 项目下的一个R包 官网：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery ...