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kegg富集分析之:KEGGREST包(9大功能)

这个包依赖极有可能是这个:https://www.kegg.jp/kegg/docs/keggapi.html ,如果可以看懂会很好理解 由于KEGG数据库分享数据的策略改变,因此KEGG.db包不 ...

Wed Sep 12 23:01:00 CST 2018 0 2407
edgeR

1)简介 edgeR作用对象是count文件,rows 代表基因,行代表文库,count代表的是比对到每个基因的reads数目。它主要关注的是差异表达分析,而不是定量基因表达水平。 edgeR w ...

Fri Sep 14 23:43:00 CST 2018 0 1693
用R包来下载sra数据

1)介绍 我们用SRAdb library来对SRA数据进行处理。 SRAdb 可以更方便更快的接入 metadata associated with submission, 包括study, s ...

Sat Sep 22 01:05:00 CST 2018 0 924
airway之workflow

1)airway简介 在该workflow中,所用的数据集来自RNA-seq,气道平滑肌细胞(airway smooth muscle cells )用氟美松(糖皮质激素,抗炎药)处理。例如,哮喘 ...

Wed Sep 19 18:12:00 CST 2018 0 901
topGO

前面我们讲过GO.db这个包,现在接着延伸topGO包,该包是用来协助GO富集分析 1)安装 if("topGO" %in% rownames(installed.packages()) = ...

Tue Sep 11 17:59:00 CST 2018 0 772

 
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