VMD-水溶液中注入離子
VMD中默認中性溶液不添加任何離子，故以下操作可加入指定數目的離子。 1.建水盒子：VMD-Extensions-Modeling-Add Solvation Box 2.填寫水盒子參數：如下 3. 加入離子：完成第二步建成水盒子后，會自動生成solvate.pdb ...
原文：amber模擬kcl水溶液
最近剛開始學習amber軟件，看網上的教程勉強知道怎么操作這個amber了。就暫時跑了個分子動力學，其他的啥也沒處理。先把我的操作過程記錄下來吧，免得日后忘記。其實和其他的分子動力學軟件的操作大同小異，主要都是構建結構和力場輸入文件的時候麻煩。我這里使用的是Linux系統的amber 版本的軟件，其他版本的我不知道是不是一樣的。 一 構建kcl.pdb結構 打開GaussView構建結構，其實很 ...
2021-10-07 21:54 0 123 推薦指數：
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