VMD-水溶液中注入離子

VMD中默認中性溶液不添加任何離子，故以下操作可加入指定數目的離子。

1.建水盒子：VMD-Extensions-Modeling-Add Solvation Box     

2.填寫水盒子參數：如下

3. 加入離子：完成第二步建成水盒子后，會自動生成solvate.pdb 和solvate.psf文件，有三種加離子方式，后文有對應詳解。 VMD Main操作：Extensions-Modeling-Add ions

生成一個ionized.psf的文件，會發現比原來的水盒子少了原子，因為加進去一個離子取代一個水分子，就少兩個原子。

顯示離子可以選擇殘基視圖：Graphics-representations-selections-keyword-rename

可顯示數量：如統計鉀離子的數量

set K [atomselect top "rename POT"]

$K num

 Tk控制台輸入方法：

• 只有指定陽離子濃度或數量時，VMD才添加陽離子和等數量的陰離子：如圖

（1）autoionize -psf solvate.psf -pdb solvate.pdb -sc 3.15 -cation POT                 #加入鹽濃Neutralize the system and add an additional 3.15mol/L KCl

（2）autoionize -psf solvate.psf -pdb solvate.pdb -nions {{CAL 20} {CLA 30} {POT 10}}       #加入Ca+20個 Cl-30個 K+10個  

•  以下（3）（4）命令沒有輸入具體數量，溶液中顯示不出來加入離子：

（3）autoionize -psf solvate.psf -pdb solvate.pdb -neutralize    #Neutralize the system with NaCl:

（4）autoionize -psf solvate.psf -pdb solvate.pdb -neutralize -cation MG    #Neutralize the system with MgCl₂

• 上述參數意義：neutralize使中和     ion離子    cation陽離子    aion 陰離子    salt concentration鹽濃度

Usage: autoionize -psf file.psf -pdb file.pdb  [options]
Ion placement mode (choose one):
  -neutralize              -- only neutralize system
  -sc  -- neutralize and set salt concentration (mol/L)
  -nions {{ion1 num1} {ion2 num2} ...} -- user defined number of ions

Other options:
  -cation     -- default: SOD
  -anion      -- default: CLA
  -o               -- output file prefix (default: ionized)
  -from          -- min. distance from solute (default: 5A)
  -between       -- min. distance between ions (default: 5A)
  -seg            -- specify new segment name (default: ION)

Supported ions (CHARMM force field resnames):
   SOD -- sodium    (Na+)
   MG  -- magnesium (Mg2+)
   POT -- potassium (K+)
   CES -- cesium    (Cs+)
   CAL -- calcium   (Ca2+)
   ZN2 -- zinc      (Zn2+)
   CLA -- chloride  (Cl-)