amber中pdb4amber簡單用法

以如下命令舉例：

pdb4amber -i inputpdb -o outputpdb -d -s :Cl- -s :Na+ -m 78-ALA

命令中：

-i 代表pdb輸入

-o 代表pdb輸出

-d 代表dry，去除所有水

-s 代表去掉以ATOMMASK為標准的原子，這里去掉了Cl-和Na+

-m 代表殘基突變，突變78位氨基酸為ALA，當然這種突變只是坐標替換，不涉及能量優化，多突變以“,”分隔。