使用AMBER中遇到的一些問題

1.讀取蛋白問題

讀取無配體pdb文件（loadpdb complex.pdb）時，出現一堆 FATAL: Atom .R<ARG 18>.A<HD1 27> does not have a type 錯誤，導致 check不過關，也無法 saveamberparm：

錯誤原因：AMBER不能識別用戶PDB文件里特定殘基(<ARG 18>)的H原子

解決方法：我遇到的問題是很多H原子都無法被識別，所以解決方法比較直接，刪除所有氫，再根據AMBER的規則，重新添加H：

1) 使用pdb4amber刪除所有氨基酸的H：

pdb4amber -i WT.pdb -o WT_noH.pdb -y --dry

pdb4amber的幫助信息如下：

$ pdb4amber -h

Options:
  --version            show program's version number and exit
  -h, --help           show this help message and exit
  -i FILE, --in=FILE   PDB input file                      (default: stdin)
  -o FILE, --out=FILE  PDB output file                     (default: stdout)
  -y, --nohyd          remove all hydrogen atoms           (default: no)
  -d, --dry            remove all water molecules          (default: no)
  -p, --prot           keep only Amber-compatible residues (default: no)
  --noter              remove TER, MODEL, ENDMDL cards     (default: no)
  --constantph         rename GLU,ASP,HIS for constant pH simulation
  --most-populous      keep most populous alt. conf. (default is to keep 'A')
  --reduce             Run Reduce first to add hydrogens.  (default: no)
  --model=MODEL        Model to use from a multi-model pdb file (integer).
                       (default: use all models)

 

2) 使用reduce添加H原子：

reduce WT_noH.pdb > WT_H.pdb

3) 使用pdb4amber對加氫后的pdb文件進行規划化處理：

pdb4amber -i WT_H.pdb -o WT_new.pdb

 

2.小分子文件准備問題：

非標准殘基或者小分子文件，若想被amber讀入，則需要對小分子文件進行定義及分配力場參數。

簡單來說，需要以下兩類文件：

AGI.frcmod

AGI.lib

1.先對小分子文件加氫：

reduce AGI.pdb > AGI_h.pdb 

2.加氫完畢轉換為mol2格式：

antechamber -i AGI_new.pdb -fi pdb -o AGI.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2

3.用parmchk檢查參數的可用性，產生frcmod力場參數文件：

parmchk -i AGI.mol2 -f mol2 -o AGI.frcmod

4.加載AGI.frcmod和mol2文件到tleap中，產生lib庫文件:

$ tleap -f oldff/leaprc.ff99SB

> source leaprc.gaff
> AGI = loadmol2 AGI.mol2 
> check AGI
> loadamberparams AGI.frcmod
> saveoff AGI AGI.lib 

 可以參考另外一篇博客https://www.cnblogs.com/wq242424/p/9157072.html

3. GPU加速及多GPU運行問題：

擁有多GPU card時，使用 export CUDA_VISIBLE_DEVICES 命令指定使用哪張顯卡，

1.使用命令前先用 unset CUDA_VISIBLE_DEVICES 命令清空變量；

2.再使用 export CUDA_VISIBLE_DEVICES 命令設置使用哪張或者哪幾張顯卡；

 export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 使用0號顯卡（pmemd.cuda）

 export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1 使用0，1兩張顯卡（mpirun -np 2 pmemd.cuda.MPI）

3.指定顯卡后，我們使用pmemd.cuda命令或者mpirun -np 2 pmemd.cuda.MPI命令（指定兩張顯卡）運行amber。