Ubantu20.04安裝Amber20 && AmberTools20 1. 准備下載好的amber（Amber20.tar.bz2）及tools（AmberTools20.tar ...

Centos7 安裝amber16 1.准備下載好的amber（Amber16.tar.bz2）及tools（AmberTools16.tar.bz2）安裝包： 兩個壓縮包會解壓到一 ...

1.讀取蛋白問題 讀取無配體pdb文件（loadpdb complex.pdb）時，出現一堆 FATAL: Atom .R<ARG 18>.A<HD1 27> does no ...

以如下命令舉例： 命令中： -i 代表pdb輸入 -o 代表pdb輸出 -d 代表dry，去除所有水 -s 代表去掉以ATOMMASK為標准的原子，這里去掉了Cl-和Na+ ...

水盒子要加厚： 越大的體系，一開始水盒子得加的越厚，因為有空隙會收縮，需要保證收縮后仍大於cutoff值+2A，否則一個周期內的蛋白會和另一個周期內的自己作用，而發生形變。。所以水盒子要厚， ...

Section 1: Introduction The input files required (using their default file names): prmtop - a f ...