Ubantu20.04安裝Amber20 && AmberTools20
1. 准備下載好的amber（Amber20.tar.bz2）及tools（AmberTools20.tar.bz2）安裝包：
1 $ cd MySoftware_home 2 $ tar xvfj Amber20.tar.bz2 3 $ tar xvfj AmberTools20.tar.bz2
兩個壓縮包會解壓到一個名為amber20_src的文件夾里
2. 切換到$AMBERHOME/build目錄，進行預編譯（防盜貼。此步驟與之前版本的ubantu和centos安裝老版本amber不同）：
1 $ cd amber20_src/build 2 # optional: edit the run_cmake script to make any needed changes; 3 # most users should not need to do this 4 $ ./run_cmake
3. 安裝並添加環境變量：
1 # install執行完成后，會在MySoftware_home目錄下創建名amber20的獨立目錄，安裝完成的可執行文件及庫都在amber20里 2 $ make install 3 # 添加環境變量 4 $ source ../amber.sh 5 # 測試安裝 6 $ cd $AMBERHOME 7 $ make test.serial
4. 安裝cuda版本amber20，之前裝好11以上的CUDA：
1 $ cd amber20_src/build 2 # 編輯run_cmake文件，把linux區段里的-DCUDA=FASLE改成-DCUDA=TRUE，如不清楚哪個是linux區段，可以把所有都改了 3 $ ./run_cmake 4 $ make install 5 $ cd $AMBERHOME 6 $ make test.cuda.serial 7 # CUDA_VISIBLE_DEVICES指定可見顯卡來指定pmemd.cuda的運行顯卡 8 $ export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0
9 $ pmemd.cuda xxxx
5. 安裝MPI版本的amber20,需要openmpi版本為openmpi-[2-4].[0-9]：
1 $ cd amber20_src/build 2 # 編輯run_cmake文件，把linux區段里的-DMPI=FASLE改成-DMPI=TRUE，如不清楚哪個是linux區段，可以把所有都改了
3 $ ./run_cmake
4 $ make install
5 $ cd $AMBERHOME
6 export DO_PARALLEL="mpirun -np 2"
7 $ make test.parallel
8 # 使用mpirun運行並行版本pmemd
9 $ mpirun -np (threads) pmemd.MPI
6. 安裝並行cuda版本的amber20,需要11版本以上的CUDA及openmpi版本為openmpi-[2-4].[0-9]：
1 $ cd amber20_src/build 2 # 編輯run_cmake文件，把linux區段里的-DMPI=FASLE -DCUDA=FALSE改成-DMPI=TRUE -DCUDA=TRUE 3 $ ./run_cmake 4 $ make install 5 $ cd $AMBERHOME
6 $ export DO_PARALLEL="mpirun -np 2" 7 $ make test.cuda.parallel 8 # 使用mpirun運行並行cuda版本pmemd 9 $ mpirun -np (threads) pmemd.cuda.MPI
由於amber20與舊版本16及18都不一樣，第一次裝可能會有些問題。