amber進行分子動力學模擬水盒子和density需要注意的事項

水盒子要加厚：

    越大的體系，一開始水盒子得加的越厚，因為有空隙會收縮，需要保證收縮后仍大於cutoff值+2A，否則一個周期內的蛋白會和另一個周期內的自己作用，而發生形變。。所以水盒子要厚，一般我默認盒子12A起，density也要多步，至少4次5000步，最后看密度波動，波動值小於1%了就可以走下一步了。

density盒子收縮的原理：

    蛋白和水盒子疊合的過程中，是有個范圍內沒有水的，這個空間是空的，但跑起來以后，水分子會滲入進去，於是水就不夠了，盒子有部分就變成真空了。