amber初學……
以下是分子動力學模擬的一般性步驟, 具體的步驟和過程依賴於你研究的體系和所用的軟件, 但這並不影響我們把它當作一個入門指南. 1. 評估體系 首先需要對我們要進行模擬的體系做一個簡單的評估, 有三個問題是我們必須要明確的: 2. 選擇工具 選擇合適的模擬工具, 大前提是它能夠實現 ...
原文：amber中pdb4amber簡單用法
以如下命令舉例： 命令中： i 代表pdb輸入 o 代表pdb輸出 d 代表dry，去除所有水 s 代表去掉以ATOMMASK為標准的原子，這里去掉了Cl 和Na m 代表殘基突變，突變 位氨基酸為ALA，當然這種突變只是坐標替換，不涉及能量優化，多突變以 , 分隔。 ...
2020-06-30 20:51 0 775 推薦指數：
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