基於單細胞測序數據構建細胞狀態轉換軌跡(cell trajectory)方法總結
細胞狀態轉換軌跡構建示意圖（Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014）在各種生物系統中，細胞都會展現出一系列的不同狀態（如基因表達的動態變化等），這些狀態（state）之間會按照一定的時間順序轉換。最典型的比如細胞的分化過程，從不成熟的細胞逐漸分化 ...
原文：單細胞測序 Trajectory analysis 軌跡推斷
單細胞測序 Trajectory analysis 軌跡推斷細胞多樣性不能通過離散的分類系統 例如細胞聚類 充分描述。觀察到的細胞異質性發展的生物進程是一個連續過程 Tanay Regev， 。因此，為了捕獲細胞身份之間的過渡狀態 不同的分化分支或生物學功能的漸進式非同步變化，我們需要動態的基因表達模型。這類方法稱為軌跡推斷 trajectory inference，TI 。 軌跡推斷方法將單細胞 ...
2021-06-27 17:59 0 358 推薦指數：
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