單細胞測序學習（一）
一、單細胞測序簡介 單細胞測序技術（single cell sequencing）是指在單個細胞水平上，對基因組、轉錄組、表觀組進行高通量測序分析的一項新技術，它能夠彌補傳統高通量測序的局限性，揭示單個細胞的基因結構和基因表達狀態，反映細胞間的異質性。 我們經常看到的scRNA-seq ...
原文：單細胞測序 doublet 二聚體
Doublets及其形成的原因單細胞測序期望每個 barcode 標簽下只有一個真實的細胞，但是實際數據中會有兩個或多個細胞共用一個 barcode 的情況，業內稱之為 doublets 或 multiplets 后面統稱為 doublets 。Doublets 形成的原因主要是高通量單細胞測序一般使用液滴微流控 droplet microfluidic 或納米孔 nanowell 技術，細胞被液 ...
2021-06-27 16:04 0 230 推薦指數：
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三、單細胞測序原理 今天主要介紹單細胞測序原理。10X Genomics和BD Rhapsody是目前單細胞測序的兩大主流平台，所以今天的單細胞測序原理介紹也是基於這兩個平台的。 （1）10X Genomics單細胞測序原理 上圖是10X單細胞測序的原理圖。首先要 ...
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單細胞分析實錄(4): doublet檢測
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單細胞轉錄組 從研究方向看上，發育生物學、免疫、神經生物學、腫瘤是排名靠前的方向，這和我們平時遇到的高頻研究方向基本吻合。另外，作為一個新興的領域，10X 單細胞轉錄組檢測到細胞多，數據龐大，信息復雜，對數據分析帶來諸多困難，因此算法類的文章（Computational method ...
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單細胞測序 Trajectory analysis 軌跡推斷細胞多樣性不能通過離散的分類系統（例如細胞聚類）充分描述。觀察到的細胞異質性發展的生物進程是一個連續過程（Tanay＆Regev，2017）。因此，為了捕獲細胞身份之間的過渡狀態、不同的分化分支或生物學功能的漸進式非同步變化，我們需要動態 ...