單細胞轉錄組 從研究方向看上,發育生物學、免疫、神經生物學、腫瘤是排名靠前的方向,這和我們平時遇到的高頻研究方向基本吻合。另外,作為一個新興的領域,10X 單細胞轉錄組檢測到細胞多,數據龐大,信息復雜,對數據分析帶來諸多困難,因此算法類的文章(Computational method ...
介紹 文章對已知的多種細胞系混合后進行單細胞 X RNA測序,研究多克隆之間的互作模式。我們這里介紹里面的單細胞測序基因表達細胞分類操作。不過文章選用的是已知固有SNP進行分類,基因表達分類用於和SNP分類進行比較。 代碼講解 讀入QC后的seurat obj,過濾代碼見之前的博客http: www.thecodesearch.com e d e bb e erna e b b e ba fqc ...
2021-02-04 11:34 0 359 推薦指數:
單細胞轉錄組 從研究方向看上,發育生物學、免疫、神經生物學、腫瘤是排名靠前的方向,這和我們平時遇到的高頻研究方向基本吻合。另外,作為一個新興的領域,10X 單細胞轉錄組檢測到細胞多,數據龐大,信息復雜,對數據分析帶來諸多困難,因此算法類的文章(Computational method ...
mRNA 的數量。10X genomics單細胞測序通過Barcode來標記細胞,UMI 來標記轉錄本 ...
單細胞流程跑了不少,但依舊看不懂結果,是該好好補補了。 有些人可能會誤會,覺得單細胞的RNA-seq數據很好分析,跟分析常規的RNA-seq應該沒什么區別。今天的這篇文章2015年3月發表在Nature Genetics Review上,專門說明了一下單細胞RNA測序數據在數據分析和計算 ...
一、單細胞測序簡介 單細胞測序技術(single cell sequencing)是指在單個細胞水平上,對基因組、轉錄組、表觀組進行高通量測序分析的一項新技術,它能夠彌補傳統高通量測序的局限性,揭示單個細胞的基因結構和基因表達狀態,反映細胞間的異質性。 我們經常看到的scRNA-seq ...
三、單細胞測序原理 今天主要介紹單細胞測序原理。10X Genomics和BD Rhapsody是目前單細胞測序的兩大主流平台,所以今天的單細胞測序原理介紹也是基於這兩個平台的。 (1)10X Genomics單細胞測序原理 上圖是10X單細胞測序的原理圖。首先要 ...
單細胞測序的知識 劉小澤 已關注 2018.07.20 21:33* 字數 1885 閱讀 675評論 0喜歡 7 劉小澤寫於18.7.20https://hemberg-lab.github.io ...
單細胞測序技術是指在單個細胞水平上對轉錄組或基因組進行擴增並測序,以檢測單細胞在基因組(結構變異-Structural Variations-SVs;拷貝數變異-Copy number variants-CNVs;單核苷酸變異-Single nucleotide variants-SNVs ...
單細胞測序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在過去的十多年里,高通量測序技術被廣泛應用於生物和醫學的各種領域,極大促進了相關的研究和應用。其中轉錄組測序(RNA-seq)被廣泛應用於測定和描繪各類物種的基因或轉錄 ...