為了減少由於擴增引起的誤差，人們在一些單細胞測序的步驟中增加了 UMI（unique molecular identifiers），UMIs 是由 4-10 個隨機核苷酸組成的序列，在 mRNA 反轉錄后，進入到文庫中，每一個 mRNA，隨機連上一個 UMI，因此可以計數不同的 UMI，最終計數 mRNA 的數量。
10X genomics單細胞測序通過Barcode來標記細胞，UMI 來標記轉錄本，這樣與參考基因比對后就可以定量細胞以及基因的數量。
Cell Ranger 進一步將外顯子reads與參考轉錄本比對，尋找兼容性。注釋到單個基因信息的reads認為是一個特異的轉錄本，只有注釋到轉錄本的reads才用於UMI計數。
在逆轉錄的過程中，有些方案利用獨特分子標識符（UMI）對單分子進行標記，這些是隨機的六核苷酸，可以更精確地定量單細胞中mRNA分子的初始量。之后，通過體外轉錄或PCR擴增cDNA，然后將擴增好的cDNA文庫用於文庫制備和高通量測序。
UMIs
另一種標准化方法是使用 Unique Molecular Identifiers (UMIs)(Kivioja et al. 2012). UMIs是一種隨機條形碼（barcode）序列，長度在4-20 bp之間。 在擴增步驟之前（通常在反轉錄期間），UMIs被添加在每個轉錄本cDNA的3’或5’端。之后，對轉錄本末端進行靶向測序。這些barcodes使得在擴增步驟之前，可以對轉錄本進行定量。雖然UMIs消除擴增偏好性的效果非常好，但是不合適用於研究基因異構體和allel特異表達。
barcode : 每一個單細胞的cDNA文庫，就帶上了獨一無二的barcode了,barcode是用來區分細胞的，跟umi不同。
UMI：（Unique Molecular Identifiers）是短序列，用於唯一標記樣品庫中的每個分子。UMI被廣泛用於測序應用，大多關於DNA和cDNA的PCR重復。UMI去重復還可用於RNA-seq基因表達分析和其他定量測序方法。簡而言之：UMI是唯一可識別的短序列，作為UMI是唯一的，所以我們可以知道在PCR擴增的過程中哪些是由同一條DNA擴增出來的。
基於標簽（barcode）的單細胞識別，給每個細胞加上獨一無二的DNA序列，這樣在測序的時候，就把攜帶相同barcode的序列視為來自同一個細胞了。這種策略，可以通過一次建庫，測得數百上千個單細胞的信息。
每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠，那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，構成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構建文庫。
10X的基本技術原理：一個油滴=一個單細胞=一個凝膠微珠=一個RNA-Seq
BD的基本技術原理：一個微孔=一個單細胞=一個磁珠=一個RNA-Seq
REF
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https://www.sohu.com/a/122201336_390793
https://www.jianshu.com/p/f0f6ae624c00
https://www.plob.org/article/11101.html
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