原文:Assemblytics鑒定基因組間SV

Assemblytics, 發表在Bioinformaticshttp: www.ncbi.nlm.nih.gov pubmed ,鑒定基因組間SV。 Githup,https: github.com marianattestad assemblytics 同時也可以在線使用,http: assemblytics.com Assemblytics 首先基於nucmer比對 color red c ...

2021-01-25 13:11 0 347 推薦指數:

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如何鑒定基因組加倍事件(WGD)

目前鑒定基因組加倍(whole-genome duplication events)有3種 通過染色體共線性(synteny) 方法是比較兩個基因組的序列,並將同源序列的位置繪制成點狀圖,如果能在點狀圖中發現比較明顯的長片段,切較多,便可以推測是由於大尺度的基因組重復以后 ...

Sun Dec 29 22:55:00 CST 2019 0 4710
基因組注釋

基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
基於全基因組測序數據鑒定結構變異的四大類算法總結

不同類型的基因組變異示意圖(圖片來源:labspaces) 上次給大家總結介紹了基因組單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism,SNP)的鑒定方法,今天給大家介紹結構變異(structural variations,SV ...

Tue Sep 24 19:31:00 CST 2019 0 503
參考基因組

參考基因組版本命名參考基因組聯盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配,糾正,增加基因組序列,以此作為在生信分析領域作為參考的基因組。人基因組官名叫 GRCh38 (Genome ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
動物基因組與植物基因組基本差異

看, 1.1高等植物基因組以復制負載為主,由單細胞祖先就決定,即高等植物的重復序列位於基因區,只復制不轉 ...

Fri Dec 20 00:01:00 CST 2019 0 1047
NextDenovo 組裝基因組

NextDenovo 是有武漢未來組團隊開發出來用於組裝ONT,Pacbio, HIFI (默認參數可對60-100X數據更有效),可通過correct--assemble對其進行組裝。組裝后, ...

Fri Jan 22 22:52:00 CST 2021 0 456
基因組轉座元件

轉座元件是一類能改變其自身在基因組當中的位置的DNA重復序列,它能夠使得突變產生,也能“逆轉”已有突變,它能改變生物細胞的遺傳屬性和基因組穩定性。1951年,美國冷泉港著名女性細胞遺傳學家Barbara McClintock發表文章“Induction of Instability ...

Wed Jun 17 19:08:00 CST 2020 0 540
如何到NCBI提交基因組

1 步驟和說明 NCBI官方說明 點此處打開提交基因組頁面 以下例子:純菌的基因組草圖用於新菌鑒定。 1.1 提交基因組數據到 NCBI 需要什么? .fsa 格式的基因組數據; fsa 就是用公司返回的 .sqn 的數據改為 .fsa 后綴,里面是 fasta格式 ...

Thu Mar 29 22:38:00 CST 2018 0 6181
 
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