就基因家族工作做一簡單介紹 基本思路 數據准備 確定好研究的基因家族后(比如:NBS,MADS-box etc.),下面就可以下載相關數據。 所研究物種的基因組序列; genome.fa 所研究物種蛋白序列;pep.fa 所研究物種gff文件 目標基因家族 ...
Blast進行同源基因的尋找 參考博客: http: boyun.sh.cn bio p https: www.bioinfo scrounger.com archives 基於蛋白的比對結果,尋找某一個蛋白家族的同源基因,使用如下的參數 identity gt e value lt e score gt overlap gt 首先對感興趣的基因家族蛋白序列建立索引 然后使用blastp比對到建立 ...
2020-03-06 10:00 0 1423 推薦指數:
就基因家族工作做一簡單介紹 基本思路 數據准備 確定好研究的基因家族后(比如:NBS,MADS-box etc.),下面就可以下載相關數據。 所研究物種的基因組序列; genome.fa 所研究物種蛋白序列;pep.fa 所研究物種gff文件 目標基因家族 ...
,這一套下來,基本的基因分析軟件都安裝好了。 包括兩兩比對軟件:blast,diamond。# ...
1. 數據庫的配置 OrthoMCL的分析需要先行建立mysql賬戶並建立相應的數據庫。關於mysql ...
套路 這通常就是基因組組裝后的必做分析,通過比較基因組學的手段進行分析,可以知道所研究物種在進化過程中哪些核心基因家族發生了變化,從而導致了其特殊的適應性機制的形成。 參考: Extremotolerant tardigrade genome and improved ...
在進化過程中,新基因通常來自事先存在的基因,新基因的功能從先前基因的功能進化而來。新基因的原材料 來自基因組區域的重復,這種重復可包括一個或多個基因。 作為物種形成的伴隨事件而被重復,並繼續保持相同功能的基因,稱為直系同源基因(orthologous gene)。 新的基因功能可由 ...
看文獻的時候,發現了g:Profiler這個寶藏工具,測試了一下,使用起來超級方便、好用,一定要分享給大家~ g:Profiler網址: https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/ 下面具體講一下該網站的功能。 1、GO 功能富集分析 功能富集分析包括:Gene ...
通常我們用的都是通過blast比對來確定我們需要的家族成員,首先是比對序列,再次是需要目標物種的蛋白序列,來進行比對,通常比對的時候我們都需要設定e-value值。今天我們來學習一下利用HMMER來鑒定基因家族成員。 1 、利用軟件HMMER進行模型搜索,軟件官網:http ...
在研究兩對基因的雜交的時候,往往會遇到不完全遵循孟德爾遺傳分離比的情況,甚至有極其明顯的差距。因此,我們在解答問題或研究時應該注意連鎖現象。 1.連鎖 在此我們以玉米為例作為研究對象研究。 why?:1)可觀察性狀較多。2)同一株有較多種子,便於計數分析。3)雌雄 ...