【環境變量】注釋掉conda3，source ~/.bashrc
因為orthofinder是由python2編寫的。
conda install orthofinder # 若在上一章之后沒有重啟的同學請重啟后操作。
# 由於是剛開始搭建，這里沒有給orthofinder單獨一個環境空間，這一套下來，基本的基因分析軟件都安裝好了。
包括兩兩比對軟件：blast，diamond。# diamond快，且宣稱其方法和比對結果並不比blast遜色
包括多重比對軟件：mafft，muscle。 # muscle最快，mafft最准，這兩個軟件在多序列比對中宣稱排前二
包括建樹軟件：fasttree，raxml，iqtree。 # fasttree最快，raxml和iqtree較准
包括聚類軟件：mcl。# orthofinder套用的聚類軟件
包括其他重要的包和依賴。 # 一般生信分析都會涉及的依賴，很多都在這里了，比幾年前友好多了。
如果一遍安不完所有的環境，沒關系，再來一次。
如果提示更新conda版本，請按提示操作。
以上，
abyss
