批處理!功能富集分析、基因ID轉換、查找同源基因、SNP注釋一站式服務


看文獻的時候,發現了g:Profiler這個寶藏工具,測試了一下,使用起來超級方便、好用,一定要分享給大家~

g:Profiler網址:

https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/

下面具體講一下該網站的功能。

1、GO 功能富集分析

功能富集分析包括:Gene ontology, biological pathways, regulatory motifs in DNA, protein databases, human phenotype ontology

進入網址https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost

在方框中輸入Ensembl ID,隨后點擊Run query即可。

下面是相應的結果

個人覺得挺好看的呢~

2、基因ID轉換

該網站的基因ID轉換包括:

1)60個物種基因ID的轉換;

2)Ensembl, Refseq, Illumina, Entrezgene and Uniprot identifiers等不同數據庫來源基因ID的轉換;

3)基因,蛋白質,芯片探針等ID轉換;

進入網址https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert

示例圖如下:

3、查找同源基因

該網站支持190種物種的同源基因查找。

進入網址https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/orth

以人類轉小鼠為例:

4、SNP注釋

SNP注釋的信息包括chr,pos,變異所在的基因,變異類型,變異對基因的影響

進入網站https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/snpense

示例結果如下:


今天就講到這啦,各位周末愉快!~



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